组合两个表并为R中的每个表添加一个标题

Question

我想将两个回归分析的结果并排显示，比如说逻辑回归和 COX 回归。变量以行表示，p、OR/HR 和置信区间的相应数据以列表示。所以，列名不匹配：左边是 OR，右边是 HR。

我试过cbind，但遇到以下问题：

(1) 如果一个变量（行）由于变量选择而只出现在一个表中怎么办？在这种情况下，如果将两者结合起来，则另一个表中必须有一个空白行。

(2) 两个表合并后，如何在每个表的四列上添加一个标题，以便将它们标记为逻辑或 COX？

我正在寻找的输出将通过 xtable 显示为乳胶表：

   | Logistic regression          | COX regression
   | p     | OR    | 2.5% | 97.5% | p     | HR    | 2.5% | 97.5% 
v1 | 0.849 | 0.936 | ...  | ...   |       |       |      |
v2 | 0.249 | 0.595 | ...  | ...   | 0.026 | 1.916 | ...  | ...
v3 |       |       |      |       | 0.023 | 0.140 | ...  | ...

这里是一些示例代码：

library(xtable);library(survival)
# Creating a sample data frame
set.seed(1234)
event <- as.numeric(round(rnorm(10,5,5))>1);tte<-abs(round(rnorm(10,5,5)))
v1 <- round(rnorm(10,5,5));v2 <- round(rnorm(10,2,5));v3 <- round(rnorm(10,1,5))
df<-data.frame(event, tte, v1, v2, v3)

# Some logistic regression ...
LogReg <- glm(event~v1+v2,family=binomial,data=df)
LogRegTable<-round(cbind(summary(LogReg)$coef[, "Pr(>|z|)"], exp(coef(LogReg)),   exp(confint(LogReg))),3)
colnames(LogRegTable)<-c("p","OR","2.5%","97.5%")
LogRegTable<-LogRegTable[!rownames(LogRegTable)=="(Intercept)",] 

# ... and some COX regression
CoxReg <- coxph(Surv(df$tte, df$event)~v2+v3,data=df)
CoxRegTable<-round(cbind(summary(CoxReg)$coef[, "Pr(>|z|)"], exp(coef(CoxReg)),  exp(confint(CoxReg))),3)
colnames(CoxRegTable)<-c("p","HR","2.5%","97.5%")

# There we go
LogRegTable
CoxRegTable

# Now, how to get them in one table?
xtable(
  cbind(LogRegTable, CoxRegTable)
)
# ... messes up the correct row names   

Answer 1

正如MrFlick 建议的那样，您可以使用merge() 比使用cbind 更有效地做到这一点。

您可以按如下方式使用merge()：

xtable <- merge(LogRegTable, CoxRegTable, by.x = "p", by.y = "p", all = TRUE)

在这种情况下，by.x 和 by.y 引用您要合并的列。如果两个表中的列名相同（在这种情况下），那么您可以只使用 by = "p" 但此方法（使用 by.x 和 by.y）允许您合并两个不同的列标题。

all = TRUE 将强制合并表保留两个表中的所有行，即使它们不共享 p 值。如果您将其更改为 FALSE，那么它将删除任何具有 p 值但在两个表中都不存在的行。

如果你想重命名之后的列名（尽管你的列名应该已经被令人满意地保留了）你可以使用 colnames() 如下：

colnames(xtable) <- c("col1_name", "col2_name", etc)

Answer 2

我会这样做：

#Add column for variable name 
LogRegTable <- cbind(v = rownames(LogRegTable), LogRegTable)
CoxRegTable <- cbind(v = rownames(CoxRegTable), CoxRegTable)

#merge on variable name
bothTable <- merge(LogRegTable, CoxRegTable, by = "v", all = TRUE)

#create an xtable object
forLatex <- xtable(bothTable)

#remove rownames and formatting details which I personally prefer to set up in my actual latex code.
#customize based on ?print.xtable to fit your needs
#and write the table to a text file
cat( print.xtable(forLatex, include.colnames = FALSE, include.rownames = FALSE, only.contents = TRUE), file = "latextable.txt")

希望对您有所帮助。

Answer 3

R 并没有真正做到你要求的“双标题”（列名可以在标题名下分组），但这会让你得到一些易于管理的东西：

您必须转换为 data.frame 才能使其正常工作，这意味着以数字开头的列名前面会出现一个 X。您可以稍后将其更改为 xtable。 您应该添加一个标识变量的列：

> LogRegTable = data.frame(LogRegTable, Variable = rownames(LogRegTable))
> CoxRegTable = data.frame(CoxRegTable, Variable = rownames(CoxRegTable))
> LogRegTable
       p    OR X2.5. X97.5. Variable
v1 0.849 0.936 0.433  2.018       v1
v2 0.249 0.595 0.129  0.995       v2
> CoxRegTable
       p    HR X2.5. X97.5. Variable
v2 0.026 1.916 1.080  3.402       v2
v3 0.023 0.140 0.025  0.766       v3  

那么就是简单的合并操作：

> merge(LogRegTable, CoxRegTable, by="Variable", all=T, suffixes = c("Log", "Cox"))
  Variable  pLog    OR X2.5.Log X97.5.Log  pCox    HR X2.5.Cox X97.5.Cox
1       v1 0.849 0.936    0.433     2.018    NA    NA       NA        NA
2       v2 0.249 0.595    0.129     0.995 0.026 1.916    1.080     3.402
3       v3    NA    NA       NA        NA 0.023 0.140    0.025     0.766

Answer 4

如果您最终输出乳胶表。您不必将 R 输出与乳胶分开。我推荐使用texreg 和knitr。如上所述，乳胶输出都可以使用 Stargazer 或 xtable 进行自定义。然而，从我的角度来看，texreg 比观星者更高效，并且比 xtable 更容易定制。也就是说，我无法重现您需要的完全相同的格式，因为 p 值似乎并不直接可用。但如果估计值超出置信区间，则置信区间会加星标。

以前的版本

texreg 不直接计算奇数比，但它很容易定制。 加载 texreg 包后，您可以通过键入来访问提取函数。 （如果您更喜欢赔率日志，那么您可以直接跳到 And we are good to go 行）

extract.glm 和extract.coxph 在命令行中

并将其复制到您的脚本中。那么我们只需要修改

coefficients <- s$coef[, 1] into coefficients <- exp(s$coef[, 1]) 用于这两个功能。

最好重命名函数，以防万一出现问题。我选择了

extract.coxphOR 和 extract.glmOR

运行函数后，我们必须告诉 texreg 使用我们修改后的函数而不是常规函数。

 setMethod("extract", signature = className("glm","stats"),definition = extract.glmOR)
 setMethod("extract", signature = className("coxph","survival"),definition = extract.coxphOR)

我们很高兴：

texreg(list(LogReg,CoxReg),ci.force = T,single.row=T,ci.force.level=0.025,custom.model.names = c("Logistic Regression", "Cox Regression"))

更新版本 正如评论中所建议的，可以以更简单的方式计算优势比。虽然以前的版本效率不高，但我留下以防万一有人需要修改提取功能。

texreg(list(LogReg,CoxReg),ci.force = TRUE, single.row = TRUE, ci.force.level = 0.025,    custom.model.names = c("Logistic Regression", "Cox Regression"), override.coef = list(exp(coef(LogReg)), exp(coef(CoxReg))))

结果：

\begin{table}
\begin{center}
\begin{tabular}{l c c }
\hline
           & Logistic Regression & Cox Regression \\
\hline
(Intercept)    & $1.77 \; [1.72;\ 1.82]^{*}$ &                             \\
v1             & $0.94 \; [0.92;\ 0.95]^{*}$ &                             \\
v2             & $0.59 \; [0.58;\ 0.61]^{*}$ & $1.92 \; [1.91;\ 1.93]^{*}$ \\
v3             &                             & $0.14 \; [0.11;\ 0.17]^{*}$ \\
\hline
AIC            & 13.63                       & 17.36                       \\
BIC            & 14.54                       &                             \\
Log Likelihood & -3.82                       &                             \\
Deviance       & 7.63                        &                             \\
Num. obs.      & 10                          & 10                          \\
R$^2$          &                             & 0.68                        \\
Max. R$^2$     &                             & 0.92                        \\
Num. events    &                             & 7                           \\
Missings       &                             & 0                           \\
PH test        &                             & 0.90                        \\
\hline
\multicolumn{3}{l}{\scriptsize{$^*$ 0 outside the confidence interval}}
\end{tabular}
\caption{Statistical models}
\label{table:coefficients}
\end{center}
\end{table}