你如何在knitr中打印表格答案

【问题标题】：how do you print table in knitr你如何在knitr中打印表格
【发布时间】：2015-10-28 16:38:04
【问题描述】：

我正在尝试让我们 knitr 使用 xtable 以表格格式打印数据框：

```{r xtable,fig.width=10, fig.height=8, message=FALSE, results = 'asis', echo=FALSE, warning=FALSE, fig.cap='long caption', fig.scap='short',tidy=FALSE}

print(xtable(d),format="markdown")
```

这是d的数据框：

d <- structure(list(Hostname = structure(c(8L, 8L, 9L, 5L, 6L, 7L, 
1L, 2L, 3L, 4L), .Label = c("db01", "db02", "farm01", "farm02", 
"tom01", "tom02", "tom03", "web01", "web03"), class = "factor"), 
    Date = structure(c(6L, 10L, 5L, 3L, 2L, 1L, 8L, 9L, 7L, 4L
    ), .Label = c("10/5/2015 1:15", "10/5/2015 1:30", "10/5/2015 2:15", 
    "10/5/2015 4:30", "10/5/2015 8:30", "10/5/2015 8:45", "10/6/2015 8:15", 
    "10/6/2015 8:30", "9/11/2015 5:00", "9/11/2015 6:00"), class = "factor"), 
    Cpubusy = c(31L, 20L, 30L, 20L, 18L, 20L, 41L, 21L, 29L, 
    24L), UsedPercentMemory = c(99L, 98L, 95L, 99L, 99L, 99L, 
    99L, 98L, 63L, 99L)), .Names = c("Hostname", "Date", "Cpubusy", 
"UsedPercentMemory"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-10L))

任何想法我在这里缺少什么？

【问题讨论】：

我认为你试图尝试的是print(xtable(d), type = "markdown")。当您使用 format 参数时，部分匹配会将其分配给 format.args 参数。如果您改用了type 参数，则会在错误中告知您xtable 仅支持HTML 和LaTeX 输出。 Pierre 建议使用knitr::kable 是一个不错的选择。

标签： r knitr

【解决方案1】：

从knitr 尝试kable。它会很好地格式化表格。

如果你想使用xtable试试：

print(xtable(d), type="latex", comment=FALSE)

【讨论】：

@Pierre Lafortune，我能够使用它：print(xtable(t), type = "latex")，但我也在 pdf 文件中收到此消息：% latex table由 xtable 1.7-4 包在 R 3.2.2 中生成 % Wed Oct 28 12:42:49 2015，你怎么不显示消息？
在代码头中，尝试设置 echo=F 和 warning=F
已经设置为False，我还是文档中的消息。 {r xtable,fig.width=10, fig.height=8, message=FALSE, results = 'asis', echo=FALSE, warning=FALSE, fig.cap='long caption', fig.scap='short' ,tidy=FALSE}
试试这个print(xtable(d), type="latex", comment=FALSE)
像这样使用 knitr kable：table %>% knitr::kable("latex")

【解决方案2】：

虽然 Pierre 的解决方案有效，但理想情况下这应该自动发生。幸运的是，您可以使用 knitr hooks 来完成这项工作。

也就是说，给定这段代码：

```{r}
d
```

我们希望 knitr 自动生成格式良好的表格，而无需手动调用格式化函数。

这是我正在使用的一些代码。您需要将其放在您的 knitr 文档的开头，或在编译您的文档的代码中：

opts_chunk$set(render = function (object, ...) {
    if (pander_supported(object))
        pander(object, style = 'rmarkdown')
    else if (isS4(object))
        show(object)
    else
        print(object)
})

这使用了pander，另外还需要一个辅助函数pander_supported：

library(pander)

pander_supported = function (object)
    UseMethod('pander_supported')

pander_supported.default = function (object)
    any(class(object) %in% sub('^pander\\.', '', methods('pander')))

pander.table = function (x, ...)
    pander(`rownames<-`(rbind(x), NULL), ...)

为了更好的格式，我也使用这些默认值：

panderOptions('table.split.table', Inf)
panderOptions('table.alignment.default',
              function (df) ifelse(sapply(df, is.numeric), 'right', 'left'))
panderOptions('table.alignment.rownames', 'left')

【讨论】：

【解决方案3】：

如果您要将 knitr/rmarkdown 报告呈现为 HTML，则可以使用函数 rmarkdown::paged_table()。

例如：

---
title: "My report"
output: html_document
---

```{r}
library(rmarkdown)

f <- function() {
  paged_table(mtcars)
}

f()
```

这个 .Rmd 被编入以下 HTML：

另外，请考虑通过gt() 使用gt package。

【讨论】：