如何使用 spin() knitr 生成报告并在 pdf 中保存一些图答案

【问题标题】：How to produce a report with spin() knitr AND save some plot in a pdf如何使用 spin() knitr 生成报告并在 pdf 中保存一些图
【发布时间】：2013-07-24 13:25:14
【问题描述】：

我对 knitr 包有点迷茫。我喜欢 spin() 函数，它可以快速为我提供分析的全局视图，但我需要将一些非常重要的图保存在单独的 pdf 中（例如，我的文件的第 8 个图应该保存为“Figure1.pdf”并显示在报告中）。

当我写的时候：

Some random code and plots...

pdf('Figure1.pdf')
plot(important plot)
dev.off()

Some random code and plots

在 spin() 之后，重要的情节没有显示在报告中，我想在报告和 pdf 中。

有什么办法吗？

谢谢

【问题讨论】：

我很困惑；当然，当 knitr 编译文档时，它也会生成绘图，这些绘图应该出现在同一目录中（保存嵌入的 base64 编码图像）。您对报告使用什么输出格式？
要出现在旋转的 HTML knitr 中，必须获取输出设备并创建一个 PNG，然后将其包含在 spin 创建的 HTML 中。通过启动 PDF 设备，您已经篡夺了它，因此您不会获得 PNG。我想不出如何生成 PDF 和 PNG 而不在低级别挂钩到 knitr 的图形，这可能是可能的。
dev 接受向量，因此您可以告诉 knitr 为任何给定的块生成 pdf 和 png
@Spacedman 这就是我要求输出格式的原因； spin() 也可以生成 pdf 输出，而不仅仅是 html，在这种情况下，应该为每个绘图生成 pdf 文件。

标签： r knitr

【解决方案1】：

spin() 确实保存所有绘图，尽管它默认以 PNG 格式保存绘图，因为参数 spin(..., format = 'Rmd')（R Markdown 使用 PNG 设备）。

您也可以在 R 脚本中指定块选项：只需使用 #+ 或 #-，例如

#' Some random code and plots...

#+ Figure1, fig.path='', dev=c('png', 'pdf')
plot(important plot)

#' Some random code and plots

注意dev 选项采用设备向量，正如@baptiste 所述。

或者您使用 Rnw 格式，例如（不需要指定dev）

spin(..., format = 'Rnw')

在这种情况下，输出将是 LaTeX/PDF 而不是 HTML。

【讨论】：

【解决方案2】：

如果我理解了这个问题，在关闭设备后重复绘图语句是有效的，而不会在报告中产生重复：

Some random code and plots...

pdf('Figure1.pdf')
plot(important plot)
dev.off()
plot(important plot)

Some random code and plots

【讨论】：