如何使用 igraph 在 python 中创建具有顶点权重的图？答案

【问题标题】：How to create a graph with vertices weight in python with igraph?如何使用 igraph 在 python 中创建具有顶点权重的图？
【发布时间】：2016-11-08 21:06:45
【问题描述】：

我搜索但发现有很多关于如何创建具有边权重的图形的示例，但没有一个显示如何创建具有顶点权重的图形。我开始怀疑这是否可能。

如果可以用igraph创建顶点加权图，那么是否可以用igraph计算加权独立性或其他加权数？

【问题讨论】：

标签： python graph igraph weighted

【解决方案1】：

据我所知，igraph 中没有接受加权顶点参数的函数。但是，作为 R 的 Bioconductor 套件的一部分的 SANTA 包确实具有加权顶点的例程，如果您愿意为此迁移到 R。（好像也许你可以运行bioconductor in python。）

另一个 hacky 选项是使用（如果可能）来自 igraph 的未加权例程，然后返回权重。例如。对于加权最大独立集是这样的：

def maxset(graph,weight):
    ms = g.maximal_independent_vertex_sets()
    w = []
    t = []
    for i in range(0, 150):
        m = weights.loc[weights['ids'].isin(ms[i]),"weights"]
        w.append(m)
        s = sum(w[i])
        t.append(s) 
    return(ms[t.index(max(t))])
maxset(g,weights)

（其中 weights 是一个两列数据框，第 1 列 = 顶点 ID，第 2 列 = 权重）。这得到考虑到顶点权重的最大独立集。

【讨论】：

感谢您的回答！哪个包可以涵盖更多的功能，无论是在python还是R或其他软件中？你有什么建议吗？
@EdenHarder 确实没有一个包可以涵盖所有内容。我主要使用 R 中的 statnet/sna/network/ergm 软件包套件，因为我主要做社交网络分析。 R、C 和 python 中的 igraph 对我来说更倾向于图论。 Python 中的 Networkx 面向复杂的网络分析。真的，这取决于你想要达到的目标。我发现 igraph 和 statnet 的一些组合对我有用。
R 中有很多更小的包覆盖更具体的网络，例如 asnipe 和 enaR，它们专注于生态学家和生物学家的网络分析。
谢谢，我正在寻找面向图论的，看来 Sagemath 是一个不错的解决方案。

【解决方案2】：

您想使用vs 类在igraph 中定义顶点及其属性。

作为设置顶点权重的示例，取自文档：

http://igraph.org/python/doc/igraph.VertexSeq-class.html

g=Graph.Full(3) # generate a full graph as example

for idx, v in enumerate(g.vs):
    v["weight"] = idx*(idx+1) # set the 'weight' of vertex to integer, in function of a progressive index

>>> g.vs["weight"]
[0, 2, 6]

注意，顶点序列是通过 g.vs 调用的，这里 g 是 Graph 对象的实例。

我向您推荐了这个页面，我发现在这里寻找 iGraph 方法很实用： http://igraph.org/python/doc/identifier-index.html

【讨论】：