如何使用 RcppArmadillo 将距离矩阵的对角线强制为零？答案

【问题标题】：How to force diagonal of a distance matrix to zero with RcppArmadillo?如何使用 RcppArmadillo 将距离矩阵的对角线强制为零？
【发布时间】：2014-03-13 12:10:38
【问题描述】：

我有以下 Rcpp/RcppArmadillo 函数，它计算矩阵中的相关距离

#include <RcppArmadillo.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
arma::mat cordiss(NumericMatrix X){  
   int nX = X.nrow(), kX = X.ncol();
   arma::mat XX(X.begin(), nX, kX, false); 
   arma::mat output = (1 - arma::cor(XX.t(), XX.t()))/2;   
   return output.t();   
}

使用 Rcpp::sourceCpp 采购后，我可以执行以下操作：

d <- cordiss(matrix(rnorm(1000),ncol=10))

但是，我在对角线上得到非零值（因为我猜测机器精度？），而我确实需要将这些数字设置为零以进一步处理距离矩阵。这是矩阵类型的问题吗？我该如何解决这个问题，而不必事后将对角线“手动”设置为零（在犰狳或 R 中），例如：

diag(d) <- 0

确实，我想使用类似的函数来计算两个不同矩阵之间的距离，我无法预测矩阵的列在哪里相等感谢您的帮助！

【问题讨论】：

标签： r rcpp

【解决方案1】：

不可能保证为零，因为使用非整数的算法的任何实现都是使用此类数字的approximations 生效的。

最好的办法是手动将对角线设置为零，您可以在犰狳中通过.diag() 执行此操作。例如output.diag().zeros()

【讨论】：

好的，谢谢，这看起来很简单，但是如果我现在有一个函数接受两个我想计算距离的输入矩阵，并且两个矩阵的列之一完全相同?接近零的值不会在对角线上。替换这些值是唯一的解决方案吗？