使用具有多个向量的数据帧的子集答案

【问题标题】：Subset from data frame using vector with multiple使用具有多个向量的数据帧的子集
【发布时间】：2016-03-08 14:45:15
【问题描述】：

我有一个由来自不同实验/条件的数据（样本）组成的大型数据集。我制作了一个数据框（Data_Design），在其中为每个样本分配了experiment.nr 和条件。

> Data
              Samp1      Samp2      Samp3     Samp4     Samp5     Samp6
    GeneA        10         4          2         3          2        3       
    GeneB        3          335        12        12         2        23
    GeneC        5          6          2         3          243      3
    GeneD        122        132        132       21         22       34


> Data_Design
             Exps       Conds
Samp1        Exp1       CondA       
Samp2        Exp1       CondB    
Samp3        Exp2       CondC    
Samp4        Exp2       CondB    
Samp5        Exp3       CondB
Samp6        Exp3       CondC

现在我想制作一个脚本，允许我提供几个感兴趣的实验/条件作为输入（带有变量），然后它将提取相应的数据。像这样：

> condition <- c("CondA","CondB")
> experiment <- c("Exp2","Exp3")

 >     Data.new <-  Data[, Data_Design$Conds == condition & Data_Design$Exps == experiment]

结果将是：

> Data.new
              Samp4     Samp5
    GeneA     3          2       
    GeneB     12         2        
    GeneC     3          243      
    GeneD     21         22

在这种情况下，应允许所有选项，即 Exp2/CondA、Exp2/CondB、Exp3/CondA 或 Exp3/CondB。

但是，到目前为止，我还没有让它工作。我想我通过分配“条件”和“实验”做错了什么，我不应该使用向量？

有没有人有好的建议/例子？

【问题讨论】：

标签： r dataframe subset

【解决方案1】：

可能有更好的方法来做到这一点，但目前，这可行。注意：在Data_Design 中，我将所有Samps 放在名为Samp 的列中，而不是将它们作为行名。

inputs <- expand.grid(experiment, condition, stringsAsFactors = FALSE)
names(inputs) <- c('Exps', 'Conds')

inputs <- merge(inputs, Data_Design, by = c('Exps', 'Conds'), all.x = TRUE)

Data[, inputs$Samp[!is.na(inputs$Samp)]]
##      Samp4 Samp5
##GeneA     3     2
##GeneB    12     2
##GeneC     3   243
##GeneD    21    22

【讨论】：