如何从 R 中的 ggplot2 统计摘要中提取置信区间的值？

Question

我有两种密度的计数数据（级别：1 和 3）。我已经使用 R 中的 summary_stat 函数绘制了具有引导置信区间的原始数据。我想从此图中提取置信区间的上限和下限。我怎样才能做到这一点？

data <- data.frame(set = c(1, 1, 1, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 3, 4, 4), 
                   density = c(1, 3, 3, 1, 3, 1, 1, 1, 3, 3, 1, 3), 
                   counts = c(100, 2, 3, 76, 33, 12, 44, 13, 54, 36, 65, 1), 
                   ratio = c(1, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 90, 1))
data$density <- as.factor(data$density)

pd <- position_dodge(0.82)
library(ggplot2)
ggplot(data, aes(x=density, y=counts, fill=density)) + 
   theme_bw() +  
   stat_summary(geom="bar", fun.y=mean, position = "dodge") + 
   stat_summary(geom="errorbar", fun.data=mean_cl_boot, width = 0.1, 
                size = 1.2, col = "grey57", position = pd) + 
   ylab("Counts")

Answer 1

您可以使用ggplot_build()。
该函数为您提供两条信息：一个数据框列表（每层一个）和一个面板对象，其中包含有关轴限制、中断等的所有信息：

p <- ggplot(data, aes(x=density, y=counts, fill=density)) + 
  theme_bw() +  
  stat_summary(geom="bar", fun.y=mean, position = "dodge") + 
  stat_summary(geom="errorbar", fun.data=mean_cl_boot, width = 0.1, 
               size = 1.2, col = "grey57", position = pd) + 
  ylab("Counts")

plot_info <- ggplot_build(p)$`data`[[2]]

在您的情况下，所有相关信息都存储在$data 的第二个列表的ymin 和ymax 列中。

 # density 1 error bounds
 density1_error_min <- plot_info[1, 'ymin']
 density1_error_max <- plot_info[1, 'ymax']

 # density 3 error bounds
 density3_error_min <- plot_info[2, 'ymin']
 density3_error_max <- plot_info[2, 'ymax']