R中的数据框（产品）相关性答案

【问题标题】：dataframe (product) correlations in RR中的数据框（产品）相关性
【发布时间】：2013-05-16 07:34:26
【问题描述】：

我有 2 个数据框，每个数据框有 150 行和 10 列 + 列和行 ID。我想将一个数据帧中的每一行与另一个数据帧中的每一行相关联（例如 150x150 相关性）并绘制结果 22500 值的分布。（然后我想从分布中计算 p 值等 - 但这是下一步）。

坦率地说，我不知道从哪里开始。我可以读取我的数据并查看如何关联向量或匹配两个矩阵的切片等，但我无法处理我在这里尝试做的事情。

【问题讨论】：

请帮助我们为您提供可重现的示例（即代码和示例数据），详情请参阅stackoverflow.com/questions/5963269/…。

标签： r dataframe correlation

【解决方案1】：

set.seed(42)
DF1 <- as.data.frame(matrix(rnorm(1500),150))
DF2 <- as.data.frame(matrix(runif(1500),150))

#transform to matrices for better performance
m1 <- as.matrix(DF1)
m2 <- as.matrix(DF2)

#use outer to get all combinations of row numbers and apply a function to them
#22500 combinations is small enough to fit into RAM
cors <- outer(seq_len(nrow(DF1)),seq_len(nrow(DF2)),
     #you need a vectorized function
     #Vectorize takes care of that, but is just a hidden loop (slow for huge row numbers)
     FUN=Vectorize(function(i,j) cor(m1[i,],m2[j,])))
hist(cors)

【讨论】：

+1，但是您能否在代码中添加一些描述。这使得它对其他人（包括 OP）更加有用。
嗨，Roland，非常感谢 - 它成功了，我学到了很多东西。干杯。（哦，也谢谢你，保罗）。

【解决方案2】：

您可以将cor 与两个参数一起使用：

cor( t(m1), t(m2) )

【讨论】：