从 4d NetCDF 文件中提取海底数据答案

【问题标题】：Extracting ocean bottom data from 4d NetCDF files从 4d NetCDF 文件中提取海底数据
【发布时间】：2020-09-29 23:22:21
【问题描述】：

我有海洋 pH 值、o2 等的全局 4D NetCDF 文件。每个文件有 1 个变量和 4 个维度（时间、经度、纬度和深度）。我希望从每个不包含 NA 的单元格的最底部深度提取数据。我曾尝试使用 NCO 的 ncks 与负 hyperslab：

ncks -d depth,-1 in.nc out.nc

但是，这仅给了我最深深度 bin（即 -5700 m 深度 bin）的数据，输出海洋所有较浅区域的 NaN。有没有办法以类似的方式提取数据，但指定我想要每个单元格的最深的非 NaN 值？

我可以使用 R、CDO 或 NCO。提前感谢您提供的任何帮助。

【问题讨论】：

标签： r netcdf nco cdo-climate

【解决方案1】：

如果您能够运行简单的 Python 脚本，则可以使用 nctoolkit (https://nctoolkit.readthedocs.io/en/latest/installing.html) 来执行此操作，它使用 CDO 作为后端。对于一个文件，您将执行以下操作：

import nctoolkit as nc
data = nc.open_data("infile.nc")
bottom = nc.open_data("infile.nc")
bottom.bottom_mask()
data.multiply(bottom)
data.vertical_sum()
data.to_nc("outfile.nc")

【讨论】：