是否有 R 函数来提取单个组均值？答案

【问题标题】：Is there an R function to extract a single group mean?是否有 R 函数来提取单个组均值？
【发布时间】：2021-03-27 17:51:48
【问题描述】：

我知道 tapply 可用于分隔组并单独计算均值。我想知道是否有一种功能可以隔离其中一种方法以进行单独分析。

我正在使用一个样本 t 检验将我收集的数据与班级均值进行比较。这是我正在使用的数据示例

#Sample of my data
structure(list(
pKa = c(6.946, 7.1, 6.625, 7.528, 7.102, 6.743,6.936, 6.579, 6.672, 7.27), 

pH = c("pH_6.1", "pH_6.7", "pH_7.3", "pH_8.1", "pH_6.1", "pH_6.7", "pH_7.3", "pH_8.1", "pH_6.1", "pH_6.7"), 

id = c("XAU", "XAU", "XAU", "XAU", "MyData", "MyData", "MyData","MyData", "PQ", "PQ")),
 row.names = c(NA, 10L), class = "data.frame")

我正在尝试提取按“pH”（解释变量）分组的每个“pKa”（响应变量）的平均值，并在 t 检验中使用每个平均值来比较“MyData”与收集的总类数据.下面显示了我要比较的数据（Mydata Vs 类在不同 pH 组的平均值：6.1、6.7、7.3、8.1）

# The data I collected
Exp2MyData

#pKa     pH     id
#5 7.102 pH_6.1 MyData
#6 6.743 pH_6.7 MyData
#7 6.936 pH_7.3 MyData
#8 6.579 pH_8.1 MyData 

#Means of the class data
E2 <- tapply(Exp2$pKa, Exp2$pH, mean)
E2 
#pH_6.1 pH_6.7 pH_7.3 pH_8.1 
# 7.102  6.743  6.936  6.579

我尝试使用的 T-test 代码是：

t.test('X'pH的全类pKa平均值，我收集的pKa值)

这是我目前正在尝试使用的代码

#Making pH 8.1 into seperatate group
Buff_8.1 <- subset(Exp2,pH=="pH_8.1")

#Obtaining the means for pKa @ pH = 8.1
m8.1 <- mean(Buff_8.1$pKa)
m8.1

#t.test
t.test(m8.1, mu= 6.579)

但我收到错误“t.test.default(m8.1, mu = 6.579) 中的错误：'x' 观察值不足”

任何帮助都会很棒。

【问题讨论】：

嗨，苏菲，欢迎来到 SO！您能否根据您的数据样本提供有关所需输出的更多详细信息。也可以参考这个-stackoverflow.com/questions/5963269/…，它会帮助你改进你的问题。
那么你试图在这里返回的值到底是什么？您可以从E2 和E2["ph_7.3"] 获取单个组
我认为您想要t.test(Exp2$pKa[Exp2$pH=="pH_7.3"], mu=6.936)，但我不确定根据组合样本均值测试一组是否有效，因为观察结果不是独立的。使用方差分析然后进行多重比较来测试所有均值对（4*3/2 = 6 次比较）会更有意义。
您在要测试的组中是否有多个观察结果
非常感谢您的回答。我试图重新提出我的问题，但我的意思是将不同 pH 值下每个 pKa 的类均值与“MyData”值（例如 pH 6.1 = pKa7.102）进行比较。如果这有意义

标签： r t-test

【解决方案1】：

我假设您想测试平均 pKa 是否与 pH 组的平均 pKa 显着不同。在示例df1$class_mean[1] 中，我们针对第一个 pH 组[1] 计算 pka 平均值。对于第二个 pH 组更改为[2] 等等.. 或将其包装成一个函数。

我们使用来自rstatix 包的t_test -> 管道友好

library(dplyr)
library(rstatix)

# get the group mean by pH group
df1 <- df %>% 
  group_by(pH) %>% 
  summarize(class_mean = mean(pKa))

# one sample t-test against group-pH mean
# df1$class_mean[1] is the first group-pH mean [2], ..etc. until the last [4]

stat.test <- df %>% t_test(pKa ~ 1, mu = df1$class_mean[1], detailed = TRUE)
# stat.test <- df %>% t_test(pKa ~ 1, mu = df1$class_mean[2], detailed = TRUE)
# stat.test <- df %>% t_test(pKa ~ 1, mu = df1$class_mean[3], detailed = TRUE)
# stat.test <- df %>% t_test(pKa ~ 1, mu = df1$class_mean[4], detailed = TRUE)
stat.test

# Output:
# A tibble: 1 x 12
  estimate .y.   group1 group2         n statistic     p    df conf.low conf.high method alternative
*    <dbl> <chr> <chr>  <chr>      <int>     <dbl> <dbl> <dbl>    <dbl>     <dbl> <chr>  <chr>      
1     6.95 pKa   1      null model    10     0.448 0.665     9     6.73      7.17 T-test two.sided

数据：

df <- structure(list(
  pKa = c(6.946, 7.1, 6.625, 7.528, 7.102, 6.743,6.936, 6.579, 6.672, 7.27), 
  
  pH = c("pH_6.1", "pH_6.7", "pH_7.3", "pH_8.1", "pH_6.1", "pH_6.7", "pH_7.3", "pH_8.1", "pH_6.1", "pH_6.7"), 
  
  id = c("XAU", "XAU", "XAU", "XAU", "MyData", "MyData", "MyData","MyData", "PQ", "PQ")),
  row.names = c(NA, 10L), class = "data.frame")

【讨论】：