计算再入院率

Question

我正在尝试计算 2015 年到急诊科 (ED) 就诊的患者的 30 天和 180 天再入院率，但我不太确定该怎么做。

我的数据框看起来像这样：

Visit # |Patient # | Admission Date | Discharge date
   1       1         2015/01/01        2015/01/02
   2       2         2015/01/01        2015/01/01         
   3       3         2015/01/01        2015/01/02
   4       1         2015/01/09        2015/01/09                                       
   5       2         2015/04/01        2015/04/05
   6       1         2015/05/01        2015/05/01

我希望有两个额外的列，其中包含一个二进制变量 [0,1]，指示患者是否在 30 天和/或 60 天内重新入院。 在上面的例子中，患者 1 来 ED 3 次，1 月 2 次，5 月再次，因此我希望 readmit30 = 1 和 readmit180 = 1。患者 2 来 2 次，一次在 1 月，一次在 4 月，因此 readmit30 = 0 和 readmit60 = 1。 示例解决方案：

Visit # |Patient #| Admission Date | Discharge date | readmit30 | readmit180
   1       1        2015/01/01        2015/01/02        1          1
   2       2        2015/01/01        2015/01/01        0          1 
   3       3        2015/01/01        2015/01/02        0          0
   4       1        2015/01/09        2015/01/09        1          1                               
   5       2        2015/04/01        2015/04/05        0          1
   6       1        2015/05/01        2015/05/01        1          1

我的数据集有大约 2000 次访问，大约有 1500 名患者。 任何帮助表示赞赏。

谢谢！

Answer 1

实际上我经常这样做：我发现最好的方法是使用data.table。假设你的数据保存为ds，那么：

s <- read.table(text = "Visit Patient Admission Discharge
1 1 2015/01/01 2015/01/02
2 2 2015/01/01 2015/01/01         
3 3 2015/01/01 2015/01/02
4 1 2015/01/09 2015/01/09                                       
5 2 2015/04/01 2015/04/05
6 1 2015/05/01 2015/05/01", header = T, sep = "")

s$Admission <- as.POSIXct(s$Admission, format = "%Y/%m/%d")
s$Discharge <- as.POSIXct(s$Discharge, format = "%Y/%m/%d")

ds <- data.table(s)

setkey(ds, Patient, Admission)
ds <- ds[ , Daydiff := as.numeric(difftime(shift(Admission, n = 1L, fill = 999, type = "lead"), Discharge)), 
          by = "Patient"][ ,':='(Readmit30 = ifelse(abs(Daydiff) <= 30, 1, 0), 
                                 Readmit180= ifelse(abs(Daydiff) <= 180, 1, 0),
                                 Daydiff   = NULL)]

这会导致

> ds
   Visit Patient  Admission  Discharge      Daydiff Readmit30 Readmit180
1:     1       1 2015-01-01 2015-01-02      7.00000         1          1
2:     4       1 2015-01-09 2015-01-09    111.95833         0          1
3:     6       1 2015-05-01 2015-05-01 -16556.15510         0          0
4:     2       2 2015-01-01 2015-01-01     89.95833         0          1
5:     5       2 2015-04-01 2015-04-05 -16530.15510         0          0
6:     3       3 2015-01-01 2015-01-02 -16437.19677         0          0

但请记住，这仅确定哪些记录具有随后的 30 天或 180 天重新接纳，而不是哪些实际上是 30 天或 180 天重新接纳。