栅格堆栈像元中的底值到像元值 r 的某个分位数答案

【问题标题】：Floor values in raster stack cell to certain quantile of cell values r栅格堆栈像元中的底值到像元值 r 的某个分位数
【发布时间】：2018-11-08 12:47:03
【问题描述】：

我正在努力解决栅格堆栈的地板单元值问题。这里有一些示例数据：

library(raster)

r <- raster(ncol=10, nrow=10)
s <- stack(lapply(1:365, function(i) setValues(r, runif(100, 0, 1))))
# adding NAs
s[[2]][sample(100, 25, TRUE)] <- NA
s[sample(100, 25, TRUE)] <- NA

我有一整年的时间序列栅格堆栈。一些单元格完全设置为 NA 以及时间序列中的一些单个值。我正在尝试将每个单元格中的值降低到单元格的下 0.025 分位数。这就是我的功能所取得的进展：

f <- function(i) {
  v_q <- quantile(i,probs = .025 ,na.rm=TRUE)
  if (length(v_q) > 0) {
    if(i[v_q] < v_q) {
      i[v_q] <- v_q
    }
    i
  }
  i  
}

x <- calc(s, fun = f)

当我将它应用于calc 时，我不断收到以下错误：

Error in .calcTest(x[1:5], fun, na.rm, forcefun, forceapply) : 
  cannot use this function

有什么想法吗？

【问题讨论】：

标签： r stack raster

【解决方案1】：

不确定错误，但你的函数看起来有点奇怪。

首先，让我们添加一个随机种子以实现重现性：

library(raster)

r <- raster(ncol=10, nrow=10)
set.seed(42)
s <- stack(lapply(1:365, function(i) setValues(r, runif(100, 0, 1))))
# adding NAs
s[[2]][sample(100, 25, TRUE)] <- NA
s[sample(100, 25, TRUE)] <- NA

calc 在堆栈或砖块上基本上适用于跨层的值向量。

所以这应该有效：

f <- function(i) {
  q <- quantile(i,probs = .025 ,na.rm=TRUE)

  i[i<q] <- q
  i

}

x <- calc(s,fun=f)

然后进行测试：

q <- calc(s,fun = function(x) quantile(x,0.025,na.rm=T))

par(mfrow=c(1,2))

plot(s[[1]] < q,main="s[[1]] < q")
plot(x[[1]] == q,main="x[[1]] == q")

【讨论】：