如何在 Rcpp 代码中从 R 包创建 S4 类的实例答案

【问题标题】：How to create instances of S4 classes from R packages in Rcpp code如何在 Rcpp 代码中从 R 包创建 S4 类的实例
【发布时间】：2017-06-15 06:31:34
【问题描述】：

Rcpp 试图从 Rcpp 代码中创建一个 sparseMatrix 的实例，这让我大吃一惊。

我知道为了创建 S4 对象，我们使用所需类的名称作为字符串调用 S4 构造函数，例如：

S4 foo() {
    S4 s("dgCMatrix");
    return s;
}

但在我的情况下，这失败了

Error in getClass("dgCMatrix") : “dgCMatrix” is not a defined class

我认为这是因为尚未加载 Matrix 包？我已经尝试添加

// [[Rcpp::depends(Matrix)]]

以及包说明中 Matrix 的 Imports 和 LinkingTo 指令，但我仍然遇到相同的错误。如何在 Rcpp 中从 R 类创建实例？

更新：在coatless'answer之后，如果不加载Matrix，则需要在命名空间中导入类：

//' @importClassesFrom Matrix dgCMatrix
// [[Rcpp::export]]
S4 foo() {
    S4 s("dgCMatrix");
    return s;
}

如果您使用 Roxygen2 来管理命名空间，请注意它。

【问题讨论】：

嗯？这个表达式应该代表什么：S4 s("dgCMatrix") ...需要更多代码。
你没有在那里调用构造函数Matrix。从 Rcpp 调用此 R 函数或在 C++ 中创建自己的构造函数。或者使用 Armadillo 的稀疏矩阵类。
Rcpp Gallerty 上有有个示例例如。
@42- 它应该是一个 c++ 构造函数。
@Roland 我不明白。什么构造函数？你是说R的吗？您的意思是从 C++ 中将 R 构造函数调用为 Function 对象？我直接从此处提供的示例中提取那行代码：gallery.rcpp.org/articles/as-and-wrap-for-sparse-matrices

标签： r rcpp

【解决方案1】：

您遇到的问题是 Matrix 包尚未加载。因此，当 Rcpp 搜索 dgCMatrix ctor 时，它会为空，从而触发您看到的错误。为了解决这个问题，您只需在每个会话开始时加载一次Matrix 库。例如

library("Matrix")
sourceCpp("path/to/S4_declaration.cpp")

或者，您可以在您正在执行的sourceCpp 编译中添加加载调用。这有点极端，因为您只需要加载一次库。

不过，以下内容应始终在 sourceCpp() 下工作

#include <Rcpp.h>

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::S4 make_dgCMatrix() {
  Rcpp::S4 s("dgCMatrix");
  return s;
}


/*** R
library("Matrix")
make_dgCMatrix()
*/

当您将其移入 R 包时，请确保将 Matrix 包导入到 DESCRIPTION 中

Imports:
    Matrix

并在NAMESPACE 中导入dgCMatrix 定义。

importClassesFrom(Matrix, dgCMatrix)

【讨论】：

非常感谢您的回答，我在两分钟前就知道了 :)。我最终使用了 importClassesFrom(Matrix, dgTMatrix) 指令；我了解 importFrom 导入函数，而 importClassesFrom 导入 S4 类。无论如何，我正在使用 roxygen2 管理我的 NAMESPACE，因此精确的修改是将'//' @importClassesFrom Matrix dgTMatrix' 添加到 C++ 函数头中，就在 Rcpp::export 属性上方。另外，我认为 ***R 部分不是必需的，只要确保在 NAMESPACE 中 importClassesFrom 即可。
哎呀。感谢您了解导入指令的问题。我已经更新了答案。