R gplots：带有侧面颜色的热图答案

【问题标题】：R gplots: Heatmap with side coloursR gplots：带有侧面颜色的热图
【发布时间】：2015-12-07 14:36:27
【问题描述】：

我想使用 gplots 包中的 heatmap.2 函数创建热图。这是一个最小的例子。

require(gplots)

# create symmetric matrix
x = matrix(rnorm(100), nrow=10)
diag(x)         <- 1
x[upper.tri(x)] <-  t(x)[upper.tri(x)]
colnames(x)     <- rownames(x) <- letters[1:nrow(x)]

# create side colours
varcols = setNames(rainbow(nrow(x)), rownames(x))

# create heatmap
heatmap.2(x,
          symm = TRUE,             
          trace = "none",          
          revC=TRUE, # <-- THIS IS THE PROBLEM
          ColSideColors = varcols,
          RowSideColors = varcols
          )

问题是sidecolors。 x 是一个对称矩阵，因此列和行应该具有相同的侧色。只要revC = FALSE 就可以了。但是，当我使用 revC = TRUE 时，颜色的顺序就搞砸了。有时 - 在小例子中 - 它有助于反转 ColSideColors，但这并不总是有效。

我做错了什么还是这是gplots 错误？

【问题讨论】：

标签： r heatmap gplots

【解决方案1】：

对于遇到此问题的其他人，这是我解决它的方法：

thing = heatmap.2(my_matrix,...RowSideColors=row_cols, revC=F)
ordinary_order = thing$rowInd
reversal = cbind(ordinary_order, rev(ordinary_order))
rev_col = row_cols[reversal[,2]]; rev_col = rev_col[order(reversal[,1])];

heatmap.2(my_matrix, RowSideColors=rev_col, revC=T)

【讨论】：