heatmap.2 rstudio 行标签不显示在热图上答案

【问题标题】：heatmap.2 rstudio row labels don't show on heatmapheatmap.2 rstudio 行标签不显示在热图上
【发布时间】：2017-09-20 00:04:36
【问题描述】：

我有一个制表符分隔的数据文本文件 (Data.txt)，它有 13 列和 90 行。它有一个标题行（样本值），第一列是样本名称。

当我将数据加载到数据矩阵中时，我的第一列样本名称不显示。它们都被替换为 NA。我相信这会导致样本名称不会在热图上显示为列标签。

这是我的简单脚本：

library(gplots)
y <- data.matrix(Data)
heatmap.2(y, main=K12_Ancient_Calculator, trace="none", 
          margins = c(10,12), cexRow=0.5)

任何想法需要做什么，以便我的数据文件第一列中的样本名称显示在 y（数据矩阵）中。目前它们显示为 NA。

我注意到，在我的 Rstudio 版本中，使用“导入数据集”功能时，没有选项将数据文件的第一列声明为“标签”。

非常感谢所有反馈。

【问题讨论】：

标签： r heatmap

【解决方案1】：

heatmap.2 需要一个矩阵作为输入，它只接受数值（或 NA）我的猜测是您的样本名称是一个字符向量，它将通过 data.matrix() 转换为 NA（强制引入的 NA）

试试这个：

y <- data.matrix(Data)
row.names(y) <- Data[,1] # Set rownames
y <- y[,-1] # Remove column with NA

下面的完整示例使用 heatmap.2 的 labRow 参数。 labRow 的默认值是数据矩阵的行名。在您的情况下，这些可能是空的。可以使用以下选项之一进行设置

library(gplots)
library(dplyr)

y <- iris %>% 
  sample_frac(0.3) # Take a subset

y.mat <- y %>% 
  select(-Species) %>% ## Remove identifier
  data.matrix() ## Convert to matrix

heatmap.2(y.mat, main="iris", trace="none", 
          margins = c(10,12), cexRow=0.5,
          labRow = y$Species)

## Alternatively set the rownames of your data.matrix
y.mat2 <- y.mat
row.names(y.mat2) <- y$Species
heatmap.2(y.mat2, main="iris", trace="none", 
          margins = c(10,12), cexRow=0.5)

【讨论】：

感谢您的反馈，我会尝试一下，同时下面的脚本可以解决问题：

【解决方案2】：

感谢您的反馈，我稍后会尝试。与此同时，以下方法也起到了作用：

filename <- "Data.txt"
test <- read.table(filename, sep ="\t", quote = "", 
                   stringsAsFactors = FALSE,header = TRUE, row.names = 1)
input <- as.matrix(test)
heatmap.2(input, trace = "none", Colv=FALSE, dendogram = 'row', 
          density = "none", col = bluered(20), 
          cexRow = 0.6, cexCol = 0.9, margins = c(8,14), scale = "row", 
          hclust =function(x) hclust(x,method = "average"))

【讨论】：