RMarkdown - 所有单元格都运行没有错误，但是当文档被编织时会发生错误答案

【问题标题】：RMarkdown - all cells run without error but when document is knitted errors occurRMarkdown - 所有单元格都运行没有错误，但是当文档被编织时会发生错误
【发布时间】：2017-07-09 22:43:35
【问题描述】：

这个很奇怪。在 R markdown 文档中，每个代码单元格都显示其输出而没有错误，但是当我尝试将文档编织成 html 时，我得到一个错误：

Error: stat_bin() must not be used with a y aesthetic. Execution halted

在错误发生之前，我能找到的最接近行号和最后一个单元格名称的代码是：

g + geom_histogram()  # default: bins=30 (for diamonds: 5.01 - 0.2 / 30)

g <- ggplot(data = diamonds, aes(x = carat))
g + geom_histogram(binwidth = 1)  # not fine grained enough

g + geom_histogram(binwidth = 0.1)

g + geom_histogram(binwidth = 0.01)  # too fine grained

【问题讨论】：

标签： r knitr r-markdown

【解决方案1】：

RStudio 环境的一个令人困惑的方面是，可以将不再反映代码当前状态的内容加载到内存中。

在给出的示例中，g 在较早的单元格中进行了更改，但其干净完美的输出继续显示在后面的单元格中。一旦追踪到所有代码错误。然后文档正确编织。

需要解决的问题包括：

所有正在使用的包都需要一个明确的声明，如 library(dplyr)。有些在内存中，但没有包含在任何降价单元格。
eval 不能在代码稍后生效的任何单元格上为 FALSE 降价单元格，但如果目标是离开，include 可以是 FALSE 最终编织文档中的那个单元格。
从需要检查和包含路径的文件中加载数据的代码因为工作目录从文件时的状态发生了变化已加载。

这些是一些可以摆脱编织过程的事情，但一旦解决，文档应该可以很好地编织。知道还有什么要检查的吗？随意编辑这篇文章并添加它们。

在我发现自己的错误后考虑删除这篇文章，但决定写下来以防万一对其他人有帮助。最良好的祝愿。

【讨论】：