使用 R Markdown 将 bash 脚本作为 Cron 作业运行答案

【问题标题】：Running bash script as Cron job with R Markdown使用 R Markdown 将 bash 脚本作为 Cron 作业运行
【发布时间】：2015-05-24 16:49:15
【问题描述】：

我想尝试如何从 R markdown 文件呈现 html，但从作为 Cron 作业运行的 bash 脚本呈现。我不知道为什么一切正常，除了作为 Cron 作业运行。我的工作：

我的脚本是来自 Rstudio 的演示脚本

---
title: "test"
author: "sms"
date: "24 maja 2015"
output: html_document
---

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r}
summary(cars)
```
etc.

这个脚本在 Rstudio 中没有任何问题。

接下来我尝试从终端运行 Rmd 脚本：

Rscript -e "require( 'rmarkdown' ); render('/home/sms/Dokumenty/R/test.Rmd', 'html_document')"

没有任何问题。它有效。

所以我创建了 bash 脚本

#!/bin/bash

Rscript -e "require('rmarkdown'); 渲染('/home/sms/Dokumenty/R/test.Rmd', 'html_document')"

并更改了 chmod 755 test.sh

也像魅力一样工作。

但是当放入 Cron 文件时（管理员和用户）：

28 18 * * * sh /home/sms/Dokumenty/R/test.sh

没用

知道我做错了什么吗？

【问题讨论】：

标签： linux r bash cron

【解决方案1】：

我遇到了同样的问题。问题是因为我以 root 身份运行 Rscript，但 Rscript 应该以当前用户 souza 身份运行。为了解决这个问题，我为用户 souza “sudo crontab -u souza -e”编辑了 crontab，并且 Rscript 以 souza 而不是 root 身份运行。现在它正在工作

【讨论】：

【解决方案2】：

简化，简化，简化。

首先，我将其设为 Rscript，可能称为 renderTest.R

#!/usr/bin/Rscript
library(rmarkdown)
setwd("/home/sms/Dokuments/R")
render("test.Rmd")   # I usually use default arguments

其次，使脚本可执行（chmod 0755 renderTest.R）。

第三，测试脚本。如果你可以像你一样运行它，那么一个 cron 作业也应该像你一样运行。

第四，添加以你身份运行的cronjob拥有相同的权限。

编辑我刚刚修正了我从你那里复制的一个错字：Documents/ 而不是Documenty/。

【讨论】：

Dirk，谢谢，当我运行你的脚本 test.sh: 3: test.sh: Syntax error: word unexpected (expecting ")")
如果有帮助，请考虑“接受”（单击刻度线）和/或“赞成”（单击向上的三角形），这两种方法在 Stack Overflow 上都很常见。
我没有写脚本test.sh。你做到了。我建议一个名为renderTest.R的Rscript文件。
它在终端中工作，但是当我编写脚本的整个路径时，即使我在正确的目录 /home/sms/Dokumenty/R/test.sh 哦，好的。我懂了。您的脚本是一个 R 脚本。
简化，简化，简化。找出哪些命令有效，哪些无效。注释掉，直到它们起作用，然后添加。调试.

【解决方案3】：

我也有同样的问题。

但是如果你尝试使用 knitr::knit2html 而不是 rmarkdown::render 会起作用

知道为什么

【讨论】：