【发布时间】：2018-12-17 10:53:56
【问题描述】：
我在R中的MuMin包中运行一个线性混合效应模型的疏通，模型很大（见下文）
> Monster <- lmer(Fw.FratioFall ~ Average_mintemp_winter + (Average_mintemp_winter^2)
> + percentage_woody_coverage + (percentage_woody_coverage^2)
> + kmRoads.km2 + (kmRoads.km2^2) + Fracking
> + WELLS_ACTIVED + (WELLS_ACTIVED^2) + BadlandsCoyote.1000_mi
> + (BadlandsCoyote.1000_mi^2) + cougar_presence + COYOTE_springsurveys
> + (COYOTE_springsurveys^2) + d3.1 + (d3.1^2) + WT_DEER_springsurveys
> + (WT_DEER_springsurveys^2) + WT_DEER_fallsurveys + (WT_DEER_fallsurveys^2)
> + ELK_springsurveys + (ELK_springsurveys^2) + ELK_fallsurveys + (ELK_fallsurveys^2)
> + (BadlandsCoyote.1000_mi*WELLS_ACTIVED) + (BadlandsCoyote.1000_mi*d3.1)
> + (BadlandsCoyote.1000_mi*WELLS_ACTIVED*d3.1)
> + (cougar_presence*percentage_woody_coverage)
> + (COYOTE_springsurveys*WELLS_ACTIVED)
> + (percentage_woody_coverage*cougar_presence*COYOTE_springsurveys)
> + (Average_mintemp_winter*COYOTE_springsurveys)
> + (Average_mintemp_winter*BadlandsCoyote.1000_mi)
> + year + (1 | YEAR) + (year | StudyArea), REML = F, data = mydata)
Dredge 功能现在已经在 i7 处理器上运行了 15 个小时，我想知道这是否正常，对于这种尺寸的模型，我应该期望什么样的时间范围？
我检查了日志，R 没有崩溃，挖泥机仍在运行（它正在大量生产“奇异拟合”模型）
singular fit
singular fit
singular fit
singular fit
singular fit
singular fit
我测试了一个较小的模型，疏通功能大约需要一分钟
更小的型号
> sample <- lmer(Fw.FratioFall ~ Average_mintemp_winter +
> (Average_mintemp_winter^2) + year + (1 | YEAR) + (year | StudyArea),
> REML = F, data = mydata)
任何人都可以就使用 MuMin 软件包的模型挖泥船的时间框架提供建议。谢谢你。
【问题讨论】：
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据我了解，疏通功能会尝试每种组合，在您的情况下这是一个巨大的数字。不要这样做。使用你的领域知识来选择你的变量，而不是依赖一些自动程序。
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这至少是 N=2^41 个模型，如果我把公式中的名字算对了的话。我肯定会建议通过添加一些限制标准来减少组合的数量（via
subset）。如果您想查看进度条，请使用dredge(..., trace = 2)。您还可以通过pdredge使用并行计算。 -
数据集是巨大的，所以不管你信不信，这是使用在生态上最有意义的预测器的精简版本。
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我可以使用子集来限制基于 AIC 的模型数量吗？
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您预计挖掘初始模型需要多长时间？
标签： r data-modeling mixed-models mumin