对多行执行 Fisher 测试答案

【问题标题】：perform fisher test for multiple rows对多行执行 Fisher 测试
【发布时间】：2014-08-09 17:40:16
【问题描述】：

我有一个名为“case.control”的数据有 1000 行和 2000 col 列是 case 或 control 所以我根据案例和控制将它们分开，所以我现在有两个数据集一将是 1000 行和 400 col = case 另一个 1000 行和 600 列 = 控制我尝试在每一行都进行 Fisher 测试

dat1=c()
dat2=c()
for (i in 1:nrow(case)){
dat1[i]<-table(case[i,])
dat2[i]<-table(control[i,])
tab[i]<-as.table(rbind(dat[i],dat[i]))
fisher.test(tab, alternative="greater")}

此代码不起作用，因为有时我在单元格中的值为零，但代码将其更改为另一个数字，例如，如果我有

g1    g2 
400   0
500   100

把它改成

g1     g2
400   400
500  100

任何建议

数据看起来像这个样本：

Positions      gene1   gene2   gene3 ...... gene2000
 1              0        1       2            2
 2              1        0       0            1
 3              2        1       1            1
 .
 .
 1000           1        0        0           0

【问题讨论】：

你能提供一个小样本数据来复制这个问题吗？
目前您的代码暗示您的工作区中有许多对象：data.control、case、control 和 dat。您还未能创建 dat1、dat2 或 tab 对象，因此使用 [<- 分配给“内部值”可能会失败。我猜您来自不同的编程范例，您可以轻松地使用对象名称，但是这种操作在 R 中是不合法的。如果我错了，那么您需要提供丢失数据对象的一小部分。
我现在更改对象。看看你能不能看懂。
case 和 control 对象的结构仍不清楚。您的示例数据只是一个“东西”，但您有两个对象。此外，此代码：rbind(dat[i],dat[i]) 可能应该是 rbind(dat1[i],dat2[i]) ... 或其他东西。请花点时间发布一个可重现的示例，不幸的是，这是....不是。

标签： r chi-squared

【解决方案1】：

您的代码存在两个主要问题。

首先，您的代码将不起作用，因为 tab、dat1 和 dat2 是向量，您将它们视为某种列表或数组。

其次，如果 CASE 中的一行包含与 CONTROL 不同的值，您也会得到错误。例如：

> x = c(1,2,1,0,1,4,3,2)
> y = c(x, 9)

> rbind(dat1,dat2)
     0 1 2 3 4 9
dat1 1 3 2 1 1 1
dat2 1 3 2 1 1 1

显然是错误的，因为 x 不包含 9 值。这样做的方法是首先将 dat1 和 dat2 转换为具有特定水平的因子。

固定代码：

dat1=list()
dat2=list()
tab=list()
for (i in 1:nrow(case)){
dat1[[i]]<-table(as.factor(case[i,], levels=1:4) #replace levels with all possible values in your data
dat2[[i]]<-table(as.factor(control[i,], levels=1:4) #replace levels with all possible values in your data
tab[[i]]<-as.table(rbind(dat[i],dat[i]))
fisher.test(tab, alternative="greater")}

【讨论】：

很好，但是有问题 Fisher.test(tab, alternative = "greater") 中的错误：如果'x'不是矩阵，必须给出'y'跨度>