制作重叠的5个床文件的维恩图[关闭]答案

【问题标题】：Make a Venn diagram of 5 bed files overlapped [closed]制作重叠的5个床文件的维恩图[关闭]
【发布时间】：2016-03-31 14:25:30
【问题描述】：

我必须比较5个床文件的重叠或共享区域，并制作重叠区域的维恩图。

我可以使用 pybedtools，但它最多可用于 3 个文件。或者我找到了http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

它看起来是个不错的工具，但我知道如何编码我的数据以发现重叠。

或者也许有人有一个 R 包？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

我不认为你可以调用你所要求的维恩图。建议一次将比较分解为不超过三个，并使用area proportional ellipses 获得足够好的近似值。（看起来你的链接是一个类似的工具）

【讨论】：

【解决方案2】：

您包含的链接可以满足您的要求，您只需要求它添加更多文件以适合您的五个文件。

我刚刚使用了“列表”版本，它在绘制五个不同点的图表方面做得很好，但是，它需要将它列为每行一个数据点条目。我只是以字母表为例。

列表一：（命名为元音）

一个

我

你（记住每行一个字母）

列举二：猫

一个

清单三：哭

是的

现在，点击添加另一个列表按钮......

清单四：狗

清单五：鱼

我

然后计算，如果您滚动到结果的底部，您将获得每个联合的文本特定映射以及内容。

命名总元素 cat 元音 1 a

猫哭 1 c

狗元音 1 o

鱼元音 1 i

猫 1 吨

狗 2 天 g

元音 2 e 你

鱼 3 秒 H f

哭 2 r 是的

【讨论】：

感谢您的回复，是的，它可以工作，但数据很简单。我，我有一些像这样的文件： Chr Start End 1 143274104 143274337 Y 10001 10038 Y 12798 12817 我有 5 个文件，大概有 40.000 行。而且我必须检查文件之间的重叠并使其位于圆的交点处。所以我不知道我该怎么做。谢谢你