使用 R 中的现有计数创建维恩图？答案

【问题标题】：create venn diagram using existing counts in R?使用 R 中的现有计数创建维恩图？
【发布时间】：2023-03-13 12:29:01
【问题描述】：

我想知道是否可以在 R 中使用 vennDiagram 生成维恩图，而无需使用 vennCounts 生成计数矩阵，但保存了类似的矩阵。所以假设我有这个矩阵：

G S P Counts

1 1 1 117898    
1 1 0 125901    
1 0 1 119360    
0 1 1 118086    
1 0 0 3505      
0 1 0 753       
0 0 1 701       
0 0 0 0

当我这样做时，我称它为 M.

m <- as.matrix(M)
vennDiagram(m)

我明白了：

vennDiagram(m) 中的错误：无法绘制超过 3 组的维恩图

有没有办法解决这个问题？我试图绕过生成 1 和 0 的矩阵，因为我已经有了计数。

【问题讨论】：

标签： r venn-diagram

【解决方案1】：

我想如果可以使用单个数字和共享区域，我也可以使用此解决方案 draw.triple.venn(area1, area2, area3, n12, n23, n13, n123) 其中 area 是总大小，nxy 是areax 和 areay 之间的共享区域。所以 draw.triple.venn(130868, 126842, 120249, 125901, 118086, 119360, 117898)，我会发送维恩图图像，但我需要更多的声誉才能这样做！

【讨论】：

【解决方案2】：

这里有一个 hacky 方法。我生成包含由整数组成的假成员的人工集合。但它有效

require(VennDiagram)
lines = "1 1 1 117898    
1 1 0 125901    
1 0 1 119360    
0 1 1 118086    
1 0 0 3505      
0 1 0 753       
0 0 1 701       
0 0 0 0"
con <- textConnection(lines)
data <- read.table(con)
names(data) = c('G','S','P')

close(con)

sets = vector(mode = 'list', length = ncol(data)-1)
names(sets) = names(data)[1:(ncol(data)-1)]
lastElement = 0
for (i in 1:nrow(data)){
    elements = lastElement:(lastElement+data[i,ncol(data)]-1)
    lastElement = elements[length(elements)]+1
    for (j in 1:(ncol(data)-1)){
        if (data[i,j]==1){
            sets[[j]]=c(sets[[j]],elements)
        }
    }
}
laVenn = venn.diagram(sets,filename=NULL)
plot.new()
grid.draw(laVenn)

【讨论】：

这正是我要找的！谢谢你奥根。
哦，我以为你想避免创建假对象。 samira 的回答可能是更好的方法，因为如果您的总对象数非常高（大约 2*10^9）并且使用不必要的内存，这可能会失败。
你是对的，但你的解决方案比我自己尝试的任何对象创建都要快，这是主要的负担，尽管下面提到的一个不需要在任何类型上创建矩阵！ :-)