使用包“nVennR”转换数据以创建通用的准比例维恩图答案

【问题标题】：Transforming data to create generalized, quasi-proportional Venn diagrams using Package ‘nVennR’使用包“nVennR”转换数据以创建通用的准比例维恩图
【发布时间】：2018-03-25 01:06:17
【问题描述】：

我有以下数据集，希望您能帮助对其进行转换，以便能够使用Package ‘nVennR’ by Pérez-Silva et al. 2018 绘制维恩图。

这是数据集：

dput(data)
structure(list(Employee = c("A001", "A002", "A003", "A004", "A005", 
"A006", "A007", "A008", "A009", "A010", "A011", "A012", "A013", 
"A014", "A015", "A016", "A017", "A018"), SAS = c("Y", "N", "Y", 
"Y", "Y", "Y", "N", "Y", "N", "N", "Y", "Y", "Y", "Y", "N", "N", 
"N", "N"), Python = c("Y", "Y", "Y", "Y", "N", "N", "N", "N", 
"N", "N", "Y", "Y", "N", "N", "N", "N", "Y", "Y"), R = c("Y", 
"Y", "N", "Y", "N", "Y", "N", "N", "Y", "Y", "Y", "Y", "Y", "Y", 
"Y", "Y", "N", "N")), .Names = c("Employee", "SAS", "Python", 
"R"), row.names = c(NA, -18L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"
))

请看下面我想得到的维恩图示例：

更新：

安装nVennR 和rsvg 的更新版本后，当我从here 运行示例代码时，我得到错误和下图：

Warning message:
In checkValidSVG(doc, warn = warn) :
This picture was not generated by the 'grConvert' package, errors may result

以下是我的会话信息：

sessionInfo()
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

other attached packages:
[1] nVennR_0.2.0

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.16       lattice_0.20-35    XML_3.98-1.10     
 [4] png_0.1-7          rsvg_1.1           grid_3.4.2        
 [7] plyr_1.8.4         gtable_0.2.0       scales_0.5.0.9000 
[10] ggplot2_2.2.1.9000 pillar_1.2.1       rlang_0.2.0.9001  
[13] grImport2_0.1-2    lazyeval_0.2.1     Matrix_1.2-12     
[16] tools_3.4.2        munsell_0.4.3      jpeg_0.1-8        
[19] compiler_3.4.2     base64enc_0.1-3    colorspace_1.3-2  
[22] tibble_1.4.2

如果有任何解决此问题的想法，我将不胜感激。

【问题讨论】：

标签： r algorithm venn-diagram

【解决方案1】：

这是使用Bioconductor 中的limma 包的一种方法，您的数据从dput 作为变量z 加载：

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")
library(limma)

将所有 Y 更改为 TRUE，将所有 N 更改为 FALSE：

z2 <- data.frame(lapply(z, function(x) { gsub("Y", "TRUE", x) }))
z3 <- data.frame(lapply(z2, function(x) { gsub("N", "FALSE", x) }),stringsAsFactors=FALSE)

确保它们都是逻辑类型：

z3$SAS <- as.logical(z3$SAS)
z3$Python <- as.logical(z3$Python)
z3$R <- as.logical(z3$R)

现在使用vennCounts 统计每个维恩地区的所有总数：

> ( venn.totals <- vennCounts(z3[,-1]) )
  SAS Python R Counts
1   0      0 0      1
2   0      0 1      4
3   0      1 0      2
4   0      1 1      1
5   1      0 0      2
6   1      0 1      3
7   1      1 0      1
8   1      1 1      4
attr(,"class")
[1] "VennCounts"

制作图表只是又一步：

vennDiagram(venn.totals)

【讨论】：

谢谢，@mysteRious。但如果原始数据集中这些变量的值等于TRUE 或@ 987654336@。想法是将数据集转换为sets of lists，可以由nVennR 或VennDiagram 处理。
我尝试使用nVennR，它非常挑剔.. 它不会接受列表列表，这可能是您遇到的问题。如果您查看toVenn 的代码，它会列出 for 您的列表，这可能是主要问题。强烈建议不要使用花哨的彩色维恩图……nVennR 的输出真的很难解释。

【解决方案2】：

只是一个简短的说明，让您知道新版本的 nVennR 已准备就绪。输入和输出控制现在不同了，toVenn 已弃用，将由plotVenn 代替。有一个带有几个示例的小插图，其中一个使用了这个问题中的数据，here。

【讨论】：

嗨，@vqf。感谢您为更新这个优秀的软件包付出了巨大的努力。只有一个问题：当我从here 运行示例代码时，我收到此警告：Warning message: In checkValidSVG(doc, warn = warn) : This picture was not generated by the 'grConvert' package, errors may result，并且根据its author，'grConvert' package 目前不适用于 Windows。另外，维恩图显示不好。你能解决这个问题吗？
是的，nVennR 使用rsvg 而不是grConvert，但我从未见过任何警告。您能否尝试在您的环境中更新rsvg？让我知道这是否能解决问题。如果这样可以解决问题，在未来的版本中，我必须确保提供每个依赖项的最小版本。
从你显示的图片来看，图表是正确的。唯一的问题是绘图框的图像质量很差。但是，底层图片是矢量的，并且可以更改分辨率。如果将结果导出为 pdf，您会发现该图的更好版本。如果将其导出为位图（即 png），请确保设置宽度和高度以获得良好的分辨率（例如，3200x1989）。我正在做一个笔记来研究如何操纵绘图窗口的分辨率。

【解决方案3】：

很高兴这么快就有反馈。也许我们应该在文档中说明这个版本的 nVennR 是初步的。一些研究人员要求快速运行 nVenn，所以我只是将 C++ 代码包装到几个 R 函数中。如您所见，结果显示在viewer 窗口中，而不是plot 窗口中。我边走边学。由于我看到了对这个包的一些兴趣，我正在编译一个功能列表以添加到下一个版本。更好的输入选项肯定在该列表中。另外，对输出有更多的控制（顺便说一句，如果颜色有问题，你可以将opacity设置为0）。

关于这个问题，@mysteRious 是对的，您将列表发送到函数。一个快速的方法是

sas <- subset(data, SAS == "Y")$Employee
python <- subset(data, Python == "Y")$Employee
rr <- subset(data, R == "Y")$Employee
mySVG <- toVenn(sas, python, rr)
showSVG(mySVG = mySVG, opacity = 0.1)

下个版本会有单独输入名字的方法（抱歉）

【讨论】：

感谢您的包裹，@vqf。它能够提供具有视觉吸引力的维恩图，同时能够说明细节，使其成为我研究的宝贵工具。当然，添加更多功能以提供更大的灵活性会非常有帮助。特别是，您的代码在这里解决了我的问题，但您能否提供更多关于如何更改标签name1、name2、name3 以及1、2 和3 的提示，分别在图例和情节中？

【解决方案4】：

关于标签，简短的回答是您可以使用 SVG 编辑器（例如 Inkscape）自己编辑它们。如果您已安装它，您可以通过运行showSVG(mySVG = mySVG, opacity = 0.1, systemShow=T) 在编辑器中打开该图。您还可以通过提供输出文件 (outFile) 来保存图形，或者只打开生成的临时文件。

稍长一点的答案是 name1, name2,... 可以替换为列表的名称。不幸的是，由于我对 R 的限制，我没有意识到这可能并不简单。将每个变量加载为表格并设置 colNames 会更容易。例如，

sas <- as.table(subset(data, SAS == "Y")$Employee)
names(sas) <- 'SAS'

该标签将用于图例。关于小标签，目前用户无法更改。这些是为了帮助读取特定区域的位置，当这些区域很小时，使用更长的标签似乎不可行。我的建议是始终使用外部编辑器来更改它们。未来的版本将至少能够删除这些标签，就像在 Web 版本中一样。

【讨论】：