如何将 knitr 中的 R 警告控制为 rmarkdown答案

【问题标题】：How to control R warnings in knitr to rmarkdown如何将 knitr 中的 R 警告控制为 rmarkdown
【发布时间】：2020-11-26 08:05:00
【问题描述】：

我有一个带有循环的块，它产生线性模型的图像和结果。有时模型会产生不收敛警告。如果我让warning=TRUE 作为块条件，图像和结果会变得完全混乱。但我想打印警告，所以我尝试通过 cat(names(last.warning))（感谢this SO）。然后当knitr:

时我得到下一个错误

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'last.warning' not found
Calls: <Anonymous> ... handle -> withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval

Execution halted

我能做什么？

谢谢！

【问题讨论】：

标签： r r-markdown warnings knitr

【解决方案1】：

我们的想法是尝试捕获警告并打印其消息。以下示例在 suppressWarnings 调用中，其效果应该与在 warning = FALSE 块中的效果相同。

这里我要运行的实际代码只是as.numeric(c("1", "A"))。我想打印代码生成的任何警告，尽管它位于 suppressWarnings 块内，并且我还想打印代码的结果：

suppressWarnings({

#--- Code chunk ----------------------------------------------------------#  
  
  withCallingHandlers(
        expr    = as.numeric(c("1", "A")), 
        warning = function(w) cat("** warning:", w$message, "**\n\n")
  )

#--- End of code chunk ---------------------------------------------------#

})

#> ** warning: NAs introduced by coercion **
#> 
#> [1]  1 NA

编辑

这是一个可重现的 Rmd，它显示了如何在计算结果打印后显示任何警告：

---
title: "test"
author: "Allan Cameron"
date: "27 November 2020"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE, warning=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
 ```

 ## Print warning after output

 ```{r test, warning=FALSE}
   withCallingHandlers(
        expr    = as.numeric(c("1", "A")), 
        warning = function(w) warn <<- paste("** warning:", w$message, "**\n\n")
   )
```

```{r print_warn, echo=FALSE}
  if(exists("warn")) cat(warn)
```

这会产生：

【讨论】：

谢谢！我试了一下，得到了和你一样的结果，很好。但是我总是在表达式上方打印警告。如果我尝试将w$message 保存在变量中，使用<- 或<<- 并尝试在withCallingHandlers 之后打印，我也会收到object not found 错误。有没有可能做点什么？
谢谢！我有一个新的相关（在处理警告方面）问题。可以看看吗？：stackoverflow.com/questions/65035226/…