运行 knit 到 .Rmd 输出时，块无效

Question

问题

当试图将包含read_chunk 行的purl 脚本中的knit .Rmd 放入父.Rmd 中时，块不完整，仅形成代码块。我希望能够正常knit输出文件。

代码

ma​​in.Rmd

---
output: html_document
---

```{r, include=FALSE}
knitr::read_chunk("script_chunk.R")
```

### Print sessionInfo()

```{r, ref.label='script_chunk', eval=FALSE}
``` 

script_chunk.R

# ---- script_chunk
sessionInfo()

针织

当我用knit("main.Rmd", "output.Rmd") 处理这个时，会生成以下文件：

---
output: html_document
---



### Print sessionInfo()


```r
sessionInfo()
```

但是，该块的期望输出是：

```{r script_chunk}
sessionInfo()
```

当我目前knitoutput.Rmd 时，我只得到一个未评估的代码块，因为该块缺少花括号（最好是块名称）。

解决方法

我可以使用readLines 来实现我所追求的，例如：

```{r, results='asis', collapse=TRUE, echo=FALSE}
cat("```{r script_chunk}\n")
cat(paste(readLines("script_chunk.R"), "\n", collapse = ""))
cat("```\n")
```

有没有更优雅的方法来做到这一点？

Answer 1

还有一个稍微更优雅的解决方案：

# main.Rmd
---
output: html_document
---

### Print sessionInfo()

```{r, results="asis", echo = FALSE}
chunk_lines <- knitr::spin(text = readLines("script_chunk.R"), knit = FALSE)
cat(chunk_lines, sep = "\n")
```

但请记住，就knitr 而言，您的输出是纯 Markdown。 knitr 只能 output to certain formats：LaTeX、Sweave、HTML、Markdown 或 Jekyll。虽然您的输出文件具有 .Rmd 扩展名，但其内容是纯 Markdown，因为这是 R Markdown 文件的默认设置。

因此请注意，您想要在输出中的所有代码块都必须写为动态输出。这可能会让您在main.Rmd 中留下混淆代码。

Answer 2

我使用的另一种方法是 knit_child:

• main.Rmd

  ---
  output: html_document
  ---
  
  ```{r, include=FALSE}
  out <- knitr::knit_child("script_chunk.Rmd")
  ```
  
  ### Print sessionInfo()
  ```{r, ref.label='script_chunk'}
  paste(out, collapse = "\n")
  ```
  

• script_chunk.Rmd

  ```{r script_chunk}
  # ---- script_chunk
  sessionInfo()
  ```
  

编译时：

---
output: html_document
---

### Print sessionInfo()

```r
# ---- script_chunk
sessionInfo()
```

```
## R version 3.3.3 (2017-03-06)
## Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
## Running under: Windows 10 x64 (build 16299)
## ... blah blah blah ...
```

想法：

1. out 是一个可怕的名字；
2. 我经常使用它在零个或多个事物上迭代单个子文档（它处理一个“事物”），因此 out 可以包含对 knit_child 的多次调用的串联结果