【问题标题】:iNEXT warning messages: In sqrt(var_obs) : NaNs producediNEXT 警告消息:在 sqrt(var_obs) 中:产生了 NaN
【发布时间】:2019-01-21 14:33:14
【问题描述】:

我收到警告消息:

在 sqrt(var_obs) 中:产生的 NaN

在我在 r 中运行 iNEXT 代码 out.raw <- iNEXT(pwa, datatype="incidence_raw", endpoint = 125) 之后。当我为另一个数据集运行相同的代码时,它工作正常,没有任何错误。任何想法为什么会发生?我应该忽略这个警告吗?

我的数据类型是incident_raw(例如参见数据 - 纤毛虫)。我使用一个csv。文件和以下代码:pw1 <- as.matrix(apply(pw[,-1],2,as.integer))row.names(mpw) <- pw[,1]pa1 <- as.matrix(apply(pa[,-1],2,as.integer))row.names(mpa) <- pa[,1]pwa = list(PW = pw1, PA = pa1)out.raw <- iNEXT(pwa, datatype="incidence_raw", endpoint = 125)。谢谢你的帮助!

【问题讨论】:

    标签: warnings inext


    【解决方案1】:

    此警告表明var_obs 中包含负值或非数字值。要了解如何计算 var_obs,请查看源代码:https://github.com/JohnsonHsieh/iNEXT/blob/3b53e0b1818d1086b86fc59cfe793a545d4a11eb/R/EstIndex.R

    我猜你的原始数据是问题的根源。

    【讨论】:

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