如何将变量传递到 R markdown .Rmd 文件中？答案

【问题标题】：How can I pass variables into an R markdown .Rmd file?如何将变量传递到 R markdown .Rmd 文件中？
【发布时间】：2013-09-21 06:45:55
【问题描述】：

我正在尝试创建一个通用的 rmarkdown 模板，该模板将对数据框进行分析。我希望能够将数据帧传递给 rmarkdown 文件，而不是每次都对其进行硬编码。

下面是我一直在试验的一个 sn-p。您可以在顶部看到我必须加载数据框（mtcars）。我还手动识别自变量 (ivs) 和因变量 (dvs)。我想将这些作为参数传递。我正在尝试做一个快速而肮脏的 SPSS 探索功能版本。 “探索.Rmd”：

```{r}
library(ggplot2)
data(mtcars)
mtcars$am <- factor(mtcars$am, levels=c(0,1), labels=c("Manual", "Automatic"))
df <- mtcars
ivs <- c("cyl", "disp", "hp", "drat", "wt", "am", "qsec")
dvs <- c("mpg", "qsec")
```

Histograms
-------------------------------------

```{r}
for (v in union(ivs, dvs))
{
  hist <- ggplot(df, aes_string(x=v)) + geom_histogram()
  print(hist)
}
```

我想要看起来像这样的代码，以使用 knitr 或类似的东西生成 HTML。

myDF <- read.delim("mydata.tab")
ivs <- c("iv1", "iv2", "iv3")
dvs <- c("dv1", "dv2", "dv3")
magic("Explore.Rmd", myDF, ivs, dvs) # <- how do I do this part?

那么，是否有可能拥有一个静态的 rmarkdown 文件并向其传递参数？还是有其他方法可以完成我想做的事情？

【问题讨论】：

看看knit_expand()
在哪里可以找到knit_expand 函数？你在说这个吗：cran.r-project.org/web/packages/knitr/vignettes/…?

标签： r r-markdown

【解决方案1】：

另一种选择是在rmarkdown::render 函数中使用params 列出您的变量，请参阅：http://rmarkdown.rstudio.com/developer_parameterized_reports.html。

首先，在 rmarkdown 文档的 YAML 中声明并提供参数的默认值：

---
title: My Document
output: html_document
params:
    df: !r data(mtcars); mtcars
    ivs: ["cyl", "disp", "hp", "drat", "wt", "am", "qsec"]
    dvs: ["mpg", "qsec"]
---

然后可以通过params列表在报告正文中访问这些内容：

Histograms
-------------------------------------

```{r}
for (v in union(params$ivs, params$dvs))
{
   hist <- ggplot(params$df, aes_string(x=v)) + geom_histogram()
   print(hist)
}
```

最后，通过将命名参数列表传递给rmarkdown::render 来覆盖默认值：

myDF <- read.delim("mydata.tab")
ivs <- c("iv1", "iv2", "iv3")
dvs <- c("dv1", "dv2", "dv3")
rmarkdown::render("MyDocument.Rmd", 
                  params = list(df = myDF, ivs = ivs, dvs = dvs))

由于 YAML 定义了默认值，因此只需提供希望覆盖的内容，例如，

rmarkdown::render("MyDocument.Rmd", params = list(ivs = c("cyl", "wt")))

仍将使用mtcars 数据集，但仅绘制cyl、wt、mpg 和qsec 的直方图。

【讨论】：

【解决方案2】：

我认为您可以使用 knitr 包中的 knit2html 来实现“魔法”。

你像这样定义你的降价文件并将它保存为 mydoc.Rmd

 ```{r}
 source('test.R')
 ```
 ```{r}
library(ggplot2)
for (v in union(ivs, dvs))
{
   hist <- ggplot(myDF, aes_string(x=v)) + geom_histogram()
 print(hist)
}

在 test.R 中，您准备数据：

myDF <- read.delim("mydata.tab")
ivs <- c("iv1", "iv2", "iv3")
dvs <- c("dv1", "dv2", "dv3")

你使用 knitr 编译
```
Knit2html('mydoc.Rmd')
```

【讨论】：

嗯.. 那么数据在哪里传递？当用户运行Knit2html('mydoc.Rmd') 时，不应该在该调用中传递“mydata.tab”吗？

【解决方案3】：

我认为https://github.com/yihui/knitr/issues/567提供了一个替代方案

您必须提前创建这些参数，例如

args='2013'
knit('../my.Rmd','test.html')

然后knit() 将识别my.Rmd; 中的args，如果您想了解详细信息，请参阅envir 参数

【讨论】：