无法在网状结构中更改 Python 路径答案

【问题标题】：Unable to change Python path in reticulate无法在网状结构中更改 Python 路径
【发布时间】：2023-03-26 16:11:01
【问题描述】：

我在启动我的 rstudio 会话时运行的第一行是：

library(reticulate)
use_python("/usr/local/lib/python3.6/site-packages")

但是，当我运行 py_config() 时，它显示为仍在使用默认的 python 2.7 安装。

这是一个问题，因为我无法导入为 python3 安装的任何模块。知道为什么这不起作用吗？我非常密切地关注文档。

【问题讨论】：

我认为启动存在一些问题——一旦启动一个版本，就无法更改（或类似的东西）。我通过在~/.Renviron 和RETICULATE_PYTHON="/usr/local/miniconda3/bin/python" （使用您想要的路径）中设置它来解决它，尽管您可以使用$PATH 做同样的事情（考虑RStudio/其他编辑器使用它的版本；您可以也想在.Renviron 中设置）。
@alistaire 我如何访问/找到 .renviron？对 r 来说是新手，所以以前没有使用过，具体如何使用它并不明显。
它是您主目录中的一个文本文件，例如.Rprofile。如果您以前没有使用过它，您可能需要创建它。 Here's an example.
另外，here's a nice overview of the startup process and the files involved.
运行usethis::edit_r_environ()访问.Renviron，使用.Rprofile访问usethis::edit_r_profile()

标签： r python-3.x reticulate

【解决方案1】：

我观察到 .RProfile 中的“use_python('path')”技术和 Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = 'path') 的策略都没有对我有用（当然我确信它一定对其他人有用。 )

无论如何，终端线，

which -a python python3

确实产生了两个可供选择的路径（一个用于安装在我的 mac 上的 python2 和一个用于 python3），因此我能够在我的主目录中创建一个“.Renviron”文件，其中包含一行：

RETICULATE_PYTHON="/usr/local/bin/python3"

我重启RStudio后，library(reticulate)激活了想要的python3，repl_python()打开了python3交互窗口等等。

【讨论】：

你的意思大概是“主目录”：/Users/<username>/（在 OSX 上）
谢谢，是的，在我的情况下，它是快捷方式“cd ~”或简单的“cd”到达的目录
这是经过数小时搜索后的解决方案。感激不尽。
试过其他人，但只有这个解决方案对我有用。
您还可以使用相同的代码 RETICULATE_PYTHON='Path to your python env' 创建一个 .Renviron 文件，我还建议您使用名为 reticulate 的 conda 设置一个虚拟环境，其中您安装了 PyQt5。

【解决方案2】：

它对我有用：

Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "/usr/bin/python3")
library(reticulate)

在第一次使用 reticulate 之前设置 RETICULATE_PYTHON 似乎很重要。

【讨论】：

这很好用。在其他响应中，如果您在 R 代码中使用多个 python 环境，则添加 .Renviron 的路径可能会出现问题。在这种情况下，您的建议会更好。

【解决方案3】：

use_python("path/to/python3") 肯定不起作用，尽管Reticulate Python version configuration article 这么说。不要相信！ :-)

我曾尝试用当前的 Reticulate 版本（1.13）设置解释器，包给了我一个非常诚实的答案：

> library("reticulate")
> repl_python()
Python 2.7.15 (/usr/bin/python)
Reticulate 1.13 REPL -- A Python interpreter in R.
> use_python('/usr/bin/python3', require=T)
ERROR: The requested version of Python ('/usr/bin/python3') cannot be
used, as another version of Python ('/usr/bin/python') has already been
initialized. Please restart the R session if you need to attach
reticulate to a different version of Python.
Error in use_python("/usr/bin/python3", require = T) : 
  failed to initialize requested version of Python

幸运的是，将包含行 RETICULATE_PYTHON="/path/to/python3" 的 .Renviron 文件放入用户的主目录确实有效：

> library("reticulate")
> py_config()
python:         /usr/bin/python3
libpython:      /usr/lib/python3.6/config-3.6m-x86_64-linux-gnu/libpython3.6.so
pythonhome:     /usr:/usr
version:        3.6.8 (default, Oct  7 2019, 12:59:55)  [GCC 8.3.0]
numpy:           [NOT FOUND]

NOTE: Python version was forced by RETICULATE_PYTHON

最后，我的答案的附加值来了：

您可以通过将RETICULATE_PYTHON 行添加到全局Renviron 文件来为所有用户配置网状Python 解释器。它通常位于 R 主目录的 etc 子目录中。您可以通过在 R 解释器中运行 R.home() 函数来找出 R 的家在哪里。在我的情况下（Ubuntu 18.04.3 LTS）它是/usr/lib/R，所以我编辑了/usr/lib/R/etc/Renviron。您显然需要管理员权限才能执行此操作。

【讨论】：

我也有同样的问题。可以找到 Python 路径，但丢失了 Tensorflow 所需的 Numpy。如何为 Python 找到正确的路径并且不丢失 Numpy？
非常感谢我的朋友。我正在寻找修复程序超过 3 天 :)
在阅读了很多关于这个问题的问答后，这个答案对我有用！

【解决方案4】：

在 Mac OSX 上唯一对我有用的是，在终端中执行以下命令：

touch $HOME/.Renviron

然后打开它，我用的是vim，所以我的命令如下：

vim $HOME/.Renviron

添加以下内容（对于 anaconda）：

RETICULATE_PYTHON="/anaconda3/bin/python"

否则，在终端输入：which python3 并输入你的输出路径

RETICULATE_PYTHON="your path from which python3"

【讨论】：

非常感谢！！！有用！！我已经等了一年了！！！
此解决方案也适用于 Ubuntu，非常感谢。您是否在 .Rprofile 中尝试过？所以选择取决于每个项目？
在用 vim 打开文件之前，你绝对不需要touch。这是多余的。

【解决方案5】：

在你想使用的python环境中安装numpy。

pip install numpy

我发现Reticulate 拒绝使用没有安装numpy 的python 版本。

我通过运行解决了这个问题：

library("reticulate")
py_discover_config()

Reticulate 跳过了列出的前两个 python 版本并使用了第三个。我注意到它打印出numpy 版本，所以它可能正在寻找它作为要求。 docs 中没有提到它，应该作为一个常见问题添加。

【讨论】：

【解决方案6】：

它对我有用：

Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "C:\ProgramData\Anaconda3")
图书馆（网状）
repl_python()

【讨论】：

这不可能像所写的那样工作，因为\P 不是 R 将识别的转义。您可能打算使用双反斜杠。

【解决方案7】：

您必须找到 .exe python 文件的路径，然后在 .Renviron 文件中指定它。

最好的方法是为您的项目创建一个 conda 环境，然后将其指定为您的网状路径。

library(reticulate)

conda_create("environment name", packages = c("pandas", "matplotlib", "seaborn"), conda = "auto") # creates conda environment for your project

conda_python("environment name") # returns the .exe python path for your environment

为 .Renviron 文件保留此路径！！

编辑 .Renviron 文件：

library(usethis)

edit_r_environ()

然后，.Renviron 文件将打开。将.exe路径粘贴进去，如下：

RETICULATE_PYTHON="YOUR ENVIRONMENT PATH/python.exe"

记得用 / 而不是“\”粘贴它。

重启 R 会话并使用以下命令检查是否一切正常：

library(reticulate)

py_config()

如果一切正常，你应该得到类似的东西：

python：你的环境路径/python.exe libpython：您的环境路径/python39.dll pythonhome：你的环境路径版本：3.9.7（默认，2021 年 9 月 16 日，16:59:28）[MSC v.1916 64 位 (AMD64)] 架构：64位 numpy: 你的环境路径\lib\site-packages\numpy numpy_version: 1.21.2

在此之后它应该可以工作:)

【讨论】：

【解决方案8】：

对于windows用户，创建virtualenv python后：

virtualenv python

这可以使用 virtualenv

Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "python/Scripts/python.exe")
library(reticulate)
py_config()

编辑：这适用于任何路径，例如

Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "C:/Users/UserA/Anaconda3/envs/myEnv/python.exe")

为避免每次都必须这样做，请将 Sys.setenv 行添加到 RProfile：

file.edit(file.path("~", ".Rprofile"))
file.edit(".Rprofile")

【讨论】：