在循环中读取 R 中的 XML 文件崩溃答案

【问题标题】：Read XML files in R crashes in loops在循环中读取 R 中的 XML 文件崩溃
【发布时间】：2019-03-25 11:41:54
【问题描述】：

我有一个循环遍历 xml 文件列表并处理它们的代码。当我为单个 xml 执行代码时，结果是预期的。但是当我开始循环时，不同的文件中会出现意外错误。错误的文件在每次迭代中都会更改，因此没有模式可以找到错误。

例如。单个文件：

p_xml <- function(file)
{
   tmp<-tryCatch(
  {
    (read_xml(path_XML))
  },error=function(e)
  {
    return(NA)
   })

 if(is.na(tmp))
   {
    file <- read_xml(path_XML, encoding = "ISO-8859-1")
  }else{
   file <- tmp
 }
 id <- as.numeric(xml_attr(file, "id"))
 year_id <- as.numeric(xml_attr(file, "machine_year"))

....

return(data)

}

此代码以正确的方式返回 data.table。但是如果我在循环中执行这个函数：

global_dt<-data.table()
for(j in 1:length(file_names))
  {
    current_file <- file_names[j]
    f <- p_xml(file.path(current_dir,current_file))
    global_dt<-rbind(global_dt,f)
  }

我收到类似这样的错误：

doc_parse_file 中的错误（con，encoding = encoding，as_html = as_html，options = options）：无法解析 /path/file.xml *

事实是，如果我随后使用失败的文件执行单个代码，它会返回我所期望的。我使用 xml2 库来读取文件

【问题讨论】：

标签： r xml encoding xml2

【解决方案1】：

试试这个工作流程

library(data.table)
#store the result of each run of the function into a list
l <- lapply( list_files, p_xml )
#rowbind the list together into one data.table
global_dt <- data.table::rbindlist( l )

【讨论】：

感谢您的回答。错误仍然存在于不同的文件中。错误是相同的，但我可以更新 3 个警告：此外：警告消息：1：在 doc_parse_file（con，encoding = encoding，as_html = as_html，options = options）：打开文件过多 [1518] 2：在doc_parse_file(con, encoding = encoding, as_html = as_html, options = options) : 打开的文件太多 [1518] 3: 在 doc_parse_file(con, encoding = encoding, as_html = as_html, options = options) 中：