【发布时间】：2016-11-04 08:02:31
【问题描述】：
我有以下 XML 文件
<conf>
<Constraints>
<BETA>0</BETA>
</Constraints>
</conf>
当我尝试加载这个 xml 时
R> library(XML)
R> xmlParse('test.xml')
*** caught segfault ***
address 0x3a00000000, cause 'memory not mapped'
Traceback:
1: .Call("RS_XML_ParseTree", as.character(file), handlers, as.logical(ignoreBlanks), as.logical(replaceEntities), as.logical(asText), as.logical(trim), as.logical(validate), as.logical(getDTD), as.logical(isURL), as.logical(addAttributeNamespaces), as.logical(useInternalNodes), as.
logical(isHTML), as.logical(isSchema), as.logical(fullNamespaceInfo), as.character(encoding), as.logical(useDotNames), xinclude, error, addFinalizer, as.integer(options), as.logical(parentFirst), PACKAGE = "XML")
2: xmlParse("test.xml")
Possible actions:
1: abort (with core dump, if enabled)
2: normal R exit
3: exit R without saving workspace
4: exit R saving workspace
Selection:
在 R 中加载 xml 文件之前我需要评估什么？
xml 文件的语法似乎正确（根据 web xml 验证器）
我创建了一个新文件并粘贴了那几行，它仍然崩溃，所以它似乎不是文件格式......
R> sessionInfo()
R version 3.3.0 (2016-05-03)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS release 6.6 (Final)
locale:
[1] C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] XML_3.98-1.4
我试过xml2
R> library(xml2)
R> read_xml(
x= encoding= ...= as_html= options= n= verbose= base_url=
R> read_xml(x = 'test.xml')
*** caught segfault ***
address 0x3a00000000, cause 'memory not mapped'
Traceback:
1: .Call("xml2_doc_parse_file", PACKAGE = "xml2", path, encoding, as_html, options)
2: doc_parse_file(con, encoding = encoding, as_html = as_html, options = options)
3: read_xml.character(x = "test.xml")
4: read_xml(x = "test.xml")
我的想法是这些包使用的libXml2 库在这里一定有问题......虽然我不知道如何测试这个
g++ -m64 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/include/libxml2 -I/usr/local/include -I"/pxfs1/home/user/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.3/Rcpp/include" -I"/pxfs1/home/user/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.3/BH/include" -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
我拥有的 libxml2 已经过时了：
$ rpm -qa |grep -i libxml2
libxml2-2.7.6-17.el6_6.1.i686
libxml2-python-2.7.6-17.el6_6.1.x86_64
libxml2-devel-2.7.6-17.el6_6.1.i686
libxml2-2.7.6-17.el6_6.1.x86_64
libxml2-devel-2.7.6-17.el6_6.1.x86_64
【问题讨论】：
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xml包的后端编译了吗？你的xml文件有多大？我对这个问题的第一个看法是使用另一个 xml 库。
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对不起，我错过了您还发布了整个 xml 文件。段错误是编译函数失败的提示。两个失败的函数都会在内部调用编译函数。确保您的所有软件包都是最新版本，并且是适合您的 R 安装的版本。请发布包和 R 版本。
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对不起，我今天显然不是很专心，希望其他人多多帮助。
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@hrbrmstr 好！知道如何检查构建包的 libxml2 版本（在 R 内）吗？否则我将重建并检查构建日志
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嗯，你在 RedHat 上，所以这意味着你必须编译 pkg/both pkgs，这意味着你应该知道你安装了什么版本。命令行上的
rpm -qa |grep -i libxml告诉你。
标签： r xml segmentation-fault xml2