运行文件夹中的每个文件答案

【问题标题】：Run every file in a folder运行文件夹中的每个文件
【发布时间】：2013-11-19 22:28:45
【问题描述】：

我可以编写一个 R 脚本来打开和运行文件夹中的每个 R 文件吗？

我知道如何检查文件夹中是否存在文件，如何将文件夹中的每个文件作为文本连接读取，以及如何读取文件夹中的每个数据文件。

但是，我想一次执行一个文件夹中的每个 R 脚本，最好使用单个 R 脚本和在安装期间安装在 Windows 桌面上的默认 R gui。

我怀疑我可能需要从命令行运行 R 并编写某种批处理文件来执行此操作。我很少从命令行运行 R，也从未为 R 编写过批处理文件。

以下是一些示例 R 脚本，它们都存储在名为 run_all_these 的文件夹中：

文件run.one.r 包含：

a <- 10
b <- 20
c <- a+b
c

文件run.two.r 包含：

a <- 10
b <- 20
c <- a-b
c

文件run.three.r 包含：

a <- 10
b <- 20
c <- a*b
c

文件run.four.r 包含：

a <- 10
b <- 20
c <- a/b
c

我在使用 Google 时几乎没有发现任何关于此主题的信息。虽然，我确实在这里找到了一些关于批处理文件的信息：

http://cran.r-project.org/bin/windows/base/rw-FAQ.html

实际上，我的 R 脚本在运行时会各自创建自己的输出文件。所以，我现在最关心的是运行 R 脚本。尽管下一步是打开每个 R 脚本，但将 a 从 10 更改为 100 并再次运行它们。也许这应该是一个后续帖子。

感谢您的任何建议。

编辑 2013 年 11 月 20 日：

在与下面的 Ricardo Saporta 讨论后，我将四个输入文件更改为：

文件run.one.r：

a <- 10
b <- 20
c <- a+b
print(c)

文件run.two.r：

a <- 10
b <- 20
c <- a-b
print(c)

文件run.three.r：

a <- 10
b <- 20
c <- a*b
print(c)

文件run.four.r：

a <- 10
b <- 20
c <- a/b
print(c)

【问题讨论】：

谢谢。我曾使用source 读取单个 R 文件，但从未想过使用它来执行文件夹中的每个文件。

标签： r

【解决方案1】：

我的 utils 文件中有以下函数：

## finds all .R files within a folder and soruces them
sourceEntireFolder <- function(folderName, verbose=FALSE, showWarnings=TRUE) { 
  files <- list.files(folderName, full.names=TRUE)

  # Grab only R files
  files <- files[ grepl("\\.[rR]$", files) ]

  if (!length(files) && showWarnings)
    warning("No R files in ", folderName)

  for (f in files) {
    if (verbose)
      cat("sourcing: ", f, "\n")
    ## TODO:  add caught whether error or not and return that
    try(source(f, local=FALSE, echo=FALSE), silent=!verbose)
  }
  return(invisible(NULL))
}

【讨论】：

比我快速而肮脏的方法更好的设计。还可以想象数据文件可能在同一个文件夹中，并且可能需要临时更改工作目录。
这个功能对我来说很新鲜。当我在 R GUI 中使用以下行运行它时：setwd('c:/users/mark w miller/simple R programs'); my.folder <- 'run_all_these'; sourceEntireFolder(my.folder); 我似乎没有获得任何输出。我觉得问得很傻，但是我必须做什么才能看到输出？
如果我将 echo=FALSE 更改为 echo=TRUE 并使用我之前评论中的三行代码，那么我会在默认的 R GUI 中看到输出。
@MarkMiller，没有理由 expect 输出，除非您正在采购的文件中存在会生成输出的内容。 echo 标志只是向您显示当前正在执行的内容。
他们没有打印c。他们正在返回c。他们有区别。要打印c，请使用print(c)。另外，不要使用c 作为变量名；）

【解决方案2】：

sapply( list.files(run_all_these, full.names=TRUE), source )

您需要确保 run_all_these 是有效的 Windows 目录规范。

【讨论】：

好方法，只是为了运行 R-Files 你可以做list.files('questionaries/', full.names=F, pattern='\\.[rR]$')

【解决方案3】：

如果您没有子文件夹：

library(tidyverse)

list.files("name_folder", full.names = TRUE) %>% walk(source)

【讨论】：