为多个数据文件创建和保存相同的图 - 仅保存 1 个文件的图像，这显示为没有数据的白色矩形答案

【问题标题】：Creating and saving same plot for multiple data files - only saving image for 1 file and this is appearing as a white rectangle with no data为多个数据文件创建和保存相同的图 - 仅保存 1 个文件的图像，这显示为没有数据的白色矩形
【发布时间】：2018-11-15 16:12:14
【问题描述】：

我准备了一个建模程序，它生成 26 个单独的文件，我需要在 R 中以相同的方式绘制等高线图 - 我计划重复运行该程序，因此一直在尝试创建一个循环来创建和保存图每次运行的所有 26 个文件。

我正在尝试使用它们的原始文件名保存文件（现在已经放置了一个占位符名称），因此我创建了对象“名称”并将每个文件保存到 png 或 jpeg 文件中。目前，循环仅保存 1 个文件（尽管使用 list.files 读取 4 组数据），并且这显示为具有正确尺寸的白色方块，而不是由“makeplot”生成的图形（已在单个文件上进行测试） )。

我的数据样本：

Z    X     T
0    0     0
0    0.005 0
0    0.01  0
0    0.015 0

（对于 84k 行，依此类推）

我的代码：

filenames <- list.files(path=".",
                    pattern="csv", 
                    full.names=TRUE)

names <- as.vector(filenames)

# Creating a directory to save contour plots
dir.create("Contour plots")

#Creates a contour plot in ggplot of the variable in xz space
makeplot <- function(filename) {
  data <- as.data.frame(read.csv(file = filename), header = FALSE)
  ggplot(data=data, mapping = aes(x = data[,2], 
                              y=data[,1], 
                              z = data[,3])) +

    geom_raster(data=data, aes(fill=data[,3]), show.legend=TRUE, interpolate         
    = FALSE) +
    scale_fill_gradient(limits=range(data[,3]), high = 'red', low =     
    'white')+
    geom_contour(bins = 30, colour = "black") +
    xlab(label = "Distance from ridge axis") +
    ylab(label = "Depth") +
    theme_classic()+
    coord_cartesian(
    ylim = c(0,1), xlim = c(0,2))+
    scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) + 
    scale_y_continuous(expand = c(0, 0)) +
    guides(fill=guide_legend(title="Yb concentration")) +
    theme(legend.position="bottom")
  }

for (f in filenames) {
  png(filename="Rplot%03d.png", height = 600, width = 1200)
  makeplot(f)
  dev.off()
}

任何帮助将不胜感激！

【问题讨论】：

我认为您只需将png(..) 和dev.off() 放在for 循环的外部 就可以了。
您好 Milan，感谢您回复我 - 这似乎仍然无法正常工作，我只能假设我的 for 循环中的语法有问题？
嗨，试试print(makeplot(f)) 在循环中？
这是我的一个旧答案，与您尝试做的非常相似，并且完全可重现。 stackoverflow.com/questions/26034177/…
谢谢！我最终使用 print 并更改了我对循环的调用：'pdf（file = pdfmaster [1]，height = 6，width = 12）for（f in 1：length（filenames））{print（ makeplot(filenames[f])) } dev.off()'

标签： r for-loop ggplot2

【解决方案1】：

我想提供一个替代策略

输入文件路径

filepath <- dir(path=".", pattern="csv", full.names=TRUE)
使用正则表达式编辑文件名。例如，替换“.csv”扩展名和/或喜欢字符串文字和插值（参见library(glue)）。在现实生活中的大多数时候，我不想将上面full.names 选项生成的整个路径发扬光大。

OUTPATH <- "whatever/Rplot"

filenames <- paste0(OUTPATH, gsub("\\.csv$", ".png", filepath))

编辑您的makeplot() 签名，如下所示：

makeplot <- function(filepath, filenames) {

然后移动到更惯用的Map() 来迭代两个列表注意：请随时从purrr 签出map2 作为Map() 的替代品

Map(function(x, y) makeplot(filepath = x, filenames = y), 
     x = filepath, 
     y = filenames)

【讨论】：