For循环利用colnames作为tabyl管道中的对象答案

【问题标题】：For loop utilizing colnames as object in tabyl pipelineFor循环利用colnames作为tabyl管道中的对象
【发布时间】：2021-08-14 15:34:34
【问题描述】：

我需要对多个列联表运行卡方检验并将它们存储到数据框中。我曾想过使用tabyl 和chisq.test 函数。我的原始数据集由患者症状报告组成。一个虚构的例子：

数据

df <- structure(list(Race = c("White", "Asian", "White", "Asian", "Black", 
"Asian", "Black", "White"), Headache = c("No", "No", "Yes", "Yes", "No", 
"No", "Yes", "Yes"), Paraesthesias = c("No", "Yes", "Yes", "Yes", "Yes", "No", "No", "No"
), Heartburn = c("Yes", "No", "No", "Yes", "No", "Yes", "Yes", "Yes")), row.names = c(NA, 
-8L), class = "data.frame")

print(df)

通过蛮力获得期望的结果

headache_p <- chisq.test(df[c(1,2)] %>% tabyl(Race, Headache))$p.value

paraesthesias_p <- chisq.test(df[c(1,3)] %>% tabyl(Race, Paraesthesias))$p.value

heartburn_p <- chisq.test(df[c(1,4)] %>% tabyl(Race, Heartburn))$p.value

data.frame("Headache" = headache_p, "Paraesthesias" = paraesthesias_p, "Heartburn" = heartburn_p, row.names = "p.value")

尝试使用循环获得期望的结果

y <- list()

for (i in 2:4) {
    z <- chisq.test(df[c(1, i)] %>% tabyl(Race, colnames(df[i]), show_na = FALSE))
    y <- c(y, z)
}

setNames(data.frame(y, row.names = "p.value"), colnames(df)[-1])

错误信息

Error: Can't extract columns that don't exist.
x Column `Headache` doesn't exist.
Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred.

问题

如何为这个过程创建一个 for 循环？我的原始数据集有 60 多个症状，因此需要一个循环。我不知道如何将列名放入管道中，因为它将其视为字符而不是对象。

【问题讨论】：

标签： r for-loop binary-data janitor

【解决方案1】：

您可以在此处使用map_dbl，它可以完成for 循环的工作。

当您将列名作为字符传递时，您可以在 tabyl 中使用 .data 参数。

library(purrr)
library(dplyr)
library(janitor)

cols <- names(df[-1])

map_dbl(cols, ~chisq.test(df %>% tabyl(Race, .data[[.x]]))$p.value) %>%
  t %>%
  as.data.frame() %>%
  setNames(cols)

#   Headache Paraesthesias Heartburn
#1 0.7165313     0.7165313 0.9149472

【讨论】：