Windows 7：通过脚本安装多个 R 包

Question

我正在尝试编写在 Windows 7 上安装 R 2.15.1 的脚本。R 安装得很好，但我不知道如何从同一个批处理脚本（或任何批处理脚本，就此而言）安装多个包。下面是我调用简单 R 文件的脚本部分。

"%ProgramFiles%\R\R-2.15.1\bin\R.exe" CMD BATCH "%~dp0R packages for GME.R"

这是“R packages for GME.R”的内容，其中包含要安装的包。

install.packages("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve","RandomFields",dep=TRUE)

鉴于documented ownership and ACLs issues with writing to the default library folder in Windows，我尝试了以下方法：

1. 取得“C:\Program Files\R\R-2.15.1\library”的所有权，然后运行R CMD BATCH <file>（无变化）；
2. 在同一文件夹中为我的用户帐户授予“完全控制”权限，然后运行 ​​R CMD BATCH <file>（无更改）；
3. 通过 Rprofile.site 将库文件夹更改到另一个位置，然后运行 ​​R CMD BATCH <file>（无更改）；
4. 通过 Rgui install.packages("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve","RandomFields",dep=TRUE) 运行命令（有效）。

到目前为止，我还没有使用 CMD 或批处理脚本来安装软件包。有什么我想念的吗？任何脚本包安装的替代方法将不胜感激。

另外，我要安装的机器是供多个用户使用的，因此首选系统范围的安装和配置。

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编辑 2012-11-06： 这是来自 .Rout 文件的错误消息：

install.packages("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve","RandomFields",dep=TRUE)
Warning in install.packages("CircStats", "coda", "deldir", "gplots", "igraph",  :
  'lib = "coda"' is not writable
Error in install.packages("CircStats", "coda", "deldir", "gplots", "igraph",  : 
  unable to install packages
Execution halted

如果我之后执行library(coda)，它会给出Error in library(coda) : there is no package called ‘coda’。

Answer 1

odesolve 软件包已弃用，已被 deSolve 取代。 R 2.15.1 遇到此包时会引发错误。它可能会给您带来问题。这是我用于为新的 R 安装安装包的脚本。

libs=c("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve‌​","RandomFields")
type=getOption("pkgType")                           
    CheckInstallPackage <- function(packages, repos="http://cran.r-project.org",
       depend=c("Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests", "Enhances"), ...) {
         installed=as.data.frame(installed.packages())
    for(p in packages) {
        if(is.na(charmatch(p, installed[,1]))) { 
          install.packages(p, repos=repos, dependencies=depend, ...) 
                    }
      }
    } 
    CheckInstallPackage(packages=libs)