【发布时间】:2021-05-21 06:44:52
【问题描述】:
我想在另一个字符串中搜索子字符串。输出必须是合乎逻辑的,这就是为什么我假设grepl() 是最好的选择。
要求是,该函数必须检测模式完全匹配的两个字符串(字符串 2 和 3),并且至少允许一个不匹配项(字符串 1 和 3)
一个示例如下所示:
字符串 1:ABCDEFGHIJKL
字符串 2:ABDEFGHIJKL
字符串 3:ABDEFG
意味着当字符串 3 是搜索模式时,函数必须同时检测字符串 1 和字符串 2。
另一个选项是 Biostrings 包的 matchpattern() 函数。但是在这里,输出不是一个逻辑而是一个:
Formal class 'XStringViews' [package "Biostrings"] with 5 slots
将其转换为逻辑的选项也可以。
非常感谢
【问题讨论】:
-
不妨试试
?agrepl函数 -
非常感谢。答案是,agrepl(String3,c(String2,String1), max.distance=list(substitutions=1))
标签: r bioinformatics grepl