get.inducedSubgraph 隔离改变答案

【问题标题】：get.inducedSubgraph isolated altersget.inducedSubgraph 隔离改变
【发布时间】：2015-09-02 18:49:50
【问题描述】：

我有一个包含 3,000 个网络的列表。对于它们中的每一个，我需要计算其属性“att”==1 的变更之间的密度。我尝试了几个选项，这是我的最终代码（我只是在试验 3 个网络）。主要问题是某些网络不包含任何“att”==1 的更改。由于 get.inducedSubgraph 不适用于这些情况，我正试图消除它们。但是，我仍然收到一条错误消息。尝试不同的选项在我看来，当我在网络中只有两个更改并且彼此没有链接（密度 = 0）时，会出现该消息。那可能吗？否则，我犯了什么错误？

m1 <- matrix(rbinom(25,1,.4),5,5)
diag(m1) <- 0
g1 <- network(m1)
set.vertex.attribute(g1,"att",as.character(rep(0:1,dim(m1)[1])))

m2 <- matrix(rbinom(36,1,.4),6,6)
diag(m2) <- 0
g2 <- network(m2)
set.vertex.attribute(g2,"att",as.character(rep(0:1,dim(m2)[1])))

m3 <- matrix(rbinom(36,1,.4),6,6)
diag(m3) <- 0
g3 <- network(m3)
set.vertex.attribute(g3,"att",as.character(rep(0,dim(m2)[1]))) 

net.list=list(g1,g2,g3)

size=vector()
for(i in 1:length(net.list))
size[[i]]=sum(get.vertex.attribute(net.list[[i]], "att")=="1")
size
[1] 2 3 0

density=vector()
for(i in 1:length(net.list))
density[[i]]=ifelse(size[[i]]>1, gden(get.inducedSubgraph(net.list[[i]],v=which(net.list[[i]]%v%"att"=="1"))), NA)

Error in `[<-`(`*tmp*`, nal, 3, value = NA) : subscript out of bounds

【问题讨论】：

标签： r statnet

【解决方案1】：

看起来问题在于您将size 和density 变量创建为向量，然后尝试使用列表表示法[[]] 而不是向量表示法[] 对它们进行索引

如下更改您的代码对我有用：

size=vector()
for(i in 1:length(net.list))
size[i]=sum(get.vertex.attribute(net.list[[i]], "att")=="1")
size
[1] 2 3 0

density=vector()
for(i in 1:length(net.list))
density[i]=ifelse(size[i]>1, gden(get.inducedSubgraph(net.list[[i]],v=which(net.list[[i]]%v%"att"=="1"))), NA)

仅供参考，如果您要为数千个网络执行此操作，使用lapply 或sapply 语法而不是for 循环可能更有效。即

size<-sapply(seq_along(net.list),function(i){
  sum(get.vertex.attribute(net.list[[i]], "att")=="1")}
)

【讨论】：