在 R 包中找不到函数？答案

【问题标题】：Function not found in an R package?在 R 包中找不到函数？
【发布时间】：2012-09-19 13:24:40
【问题描述】：

我一直在使用minfi R 包。当我使用另一台计算机时，所有功能都可以正常工作。我在自己的笔记本电脑上安装了minfi 2 天。大多数功能都可以正常工作，但是当我使用具有preprocessSWAN() 功能的命令时，我得到了错误

Error: could not find function ¨proprocessSWAN¨

每次我仅在运行分析过程中使用此函数时都会收到此错误。

我还尝试过重新安装minfi 以查看安装过程中是否出现问题。但即使重新安装后，我也发现同样的问题。此功能在我的 Windows 和其他计算机上都可以正常工作。

谁能告诉我为什么我的 ubuntu 会出现这个问题？我应该怎么做才能让它发挥作用？

【问题讨论】：

不是错字吗？它在您的问题中第二次说“处理”。如果没有尝试getFromNamespace("preprocessSWAN", "minfi")。它几乎不可能从包中删除，但是有了这样一个特定的名称，它也不太可能被其他方法覆盖。
@Backlin：这肯定不是错字。我在这里错误地输入了 ¨pro¨ 但我在 R 中检查并正确执行了几次。我还尝试了 getFromNamespace("preprocessSWAN", "minfi" ) ，但它说，get(x, envir = ns, inherits = FALSE) 中的错误：找不到对象'preprocessSWAN'

【解决方案1】：

我建议您检查每台机器上的版本是否相同。查看包装的NEWS，表明preprocessSWAN() 是相当新的。所以，看看：

library(minfi)
packageVersion("minfi")

在您拥有的每台机器上。我意识到你更新了你的包，但你真的需要检查你所有的生物导体包是否都是最新的。因此，请尝试以下操作：

url='http://bioconductor.org/biocLite.R'
source(url)
update.packages(repos=biocinstallRepos())

另外，您运行的是相同版本的 R 吗？在两台机器上输入version。要获得相同的 bioconductor 版本，您将（我认为）需要相同版本的 R。因此您可能需要升级 R。

【讨论】：