如何在R中使用两个模式对象grepl答案

【问题标题】：How to grepl with two pattern objects in R如何在R中使用两个模式对象grepl
【发布时间】：2019-04-22 22:07:28
【问题描述】：

我有一个叫做

的向量

vec <- c("16S_s95_S112_R2_101.fastq.gz",
         "16S_s95_S112_R1_001.fastq.gz",
         "16S_s94_S103_R2_021.fastq.gz",
         "16S_s94_S103_R1_001.fastq.gz")

我想用sample <- "_s95_" 和R1 <- "R1" grepl 项目。

我想在执行 grepl 时使用 sample 和 R1 对象并找到匹配 _s95_ 和 R1 字符串的东西。

我想要的结果是16S_s95_S112_R1_001.fastq.gz。我试过 grepl(pattern = sample&R1, x= vec) 对我不起作用。

我可以使用多个 grepl 来做到这一点，但我正在尝试找到一些巧妙的方法来做到这一点。

【问题讨论】：

sample 和 R1 是什么？
@JilberUrbina 不确定它是如何被删除的，但我已经更新了问题。
你需要grep(paste0(".*", sample, ".*", R1), vec, value=TRUE)
我假设是这样，但请确定：假设样本模式总是在 R1 模式之前是否安全？
@divibisan 是的，R1 遵循示例，但很高兴看到任何订单的解决方案。

标签： r grepl

【解决方案1】：

对于您知道模式顺序的特定用例，遵循Jilber Urbina's 建议以编程方式编写单个正则表达式几乎肯定会更快。

对于一个更通用的解决方案，不管顺序如何，在任意数量的模式上都有效，我们可以使用 sapply 循环遍历每个模式，然后使用 rowSums 计算模式匹配的数量并找到其中的行他们都匹配：

patterns = c("_s95_", 'R1')

sapply(patterns, function(x) grepl(x, vec))
     _s95_    R1
[1,]  TRUE FALSE
[2,]  TRUE  TRUE
[3,] FALSE FALSE
[4,] FALSE  TRUE

vec[which(rowSums(sapply(patterns, function(x) grepl(x, vec))) == length(patterns))]

[1] "16S_s95_S112_R1_001.fastq.gz"

【讨论】：

【解决方案2】：

你需要在你的模式中做更多的工作才能获得匹配，尝试：

> grep(paste0(".*", sample, ".*", R1), vec, value=TRUE)
[1] "16S_s95_S112_R1_001.fastq.gz"

【讨论】：