R中多个事件的百分比变化

Question

记录了珊瑚礁图片上的随机点。使用 dplyr，我通过将一个点具有特定物种的次数除以总点数来找到物种的百分比覆盖率 (ID)。 Bellow 是这些数据的摘录。

Event                ID    Percent
    2   Bryozoan         0.2222222
    2   Chlorophyta      0.2222222
    3   Chlorophyta      0.2222222
    1   Coralline Algae  1.3333333
    2   Coralline Algae  2
    3   Coralline Algae  1.7777778
    4   Coralline Algae  7.1111111
    2   Macroalgae       1.1111111

我试图找出 4 个事件之间的百分比变化。因此，在我的珊瑚藻示例中，事件 1 到 2 的百分比变化从 1.333% 增加到 2%，将是

(2/1.33) * 100% = 150,

150-100 = 50%，所以增加了 50%。

然后我需要从每个事件 1 到 3、1 到 4、2 到 3 等进行百分比变化。

我在使用 lag() 函数时看到过类似的问题，但我不知道如何在我的情况下使用它，因为在每个事件中都可能找不到物种 (ID)。我应该如何在 R 中解决这个问题？将我的数据以宽格式放置会更容易吗？ （如果有的话会更新）

Answer 1

您可以将表格连接到自身以产生所需的事件组合。我过滤以确保第二个事件编号大于第一个（如果它们相同，则更改为零，如果第二个较小，则它只是不同对的负数。）请注意，原始的第一个和最后一个行没有出现在这里，因为没有其他事件可以比较它们。

library(tidyverse)
tbl <- read_table2(
"Event  ID  Percent
2   Bryozoan    0.2222222
2   Chlorophyta 0.2222222
3   Chlorophyta 0.2222222
1   CorallineAlgae 1.3333333
2   CorallineAlgae 2
3   CorallineAlgae 1.7777778
4   CorallineAlgae 7.1111111
2   Macroalgae  1.1111111"
)
tbl %>%
  arrange(ID, Event) %>%
  left_join(tbl, by = c("ID")) %>%
  filter(Event.y > Event.x) %>%
  mutate(Percent.change = (Percent.y / Percent.x) - 1) %>%
  select(ID, Event.x, Event.y, Percent.x, Percent.y, Percent.change)
#> # A tibble: 7 x 6
#>   ID             Event.x Event.y Percent.x Percent.y Percent.change
#>   <chr>            <int>   <int>     <dbl>     <dbl>          <dbl>
#> 1 Chlorophyta          2       3     0.222     0.222          0    
#> 2 CorallineAlgae       1       2     1.33      2              0.500
#> 3 CorallineAlgae       1       3     1.33      1.78           0.333
#> 4 CorallineAlgae       1       4     1.33      7.11           4.33 
#> 5 CorallineAlgae       2       3     2         1.78          -0.111
#> 6 CorallineAlgae       2       4     2         7.11           2.56 
#> 7 CorallineAlgae       3       4     1.78      7.11           3.00

由reprex package (v0.2.0) 于 2018 年 10 月 16 日创建。