使用 ComplexHeatmap 包创建多个热图时出错答案

【问题标题】：Error creating multiple heatmaps with ComplexHeatmap package使用 ComplexHeatmap 包创建多个热图时出错
【发布时间】：2017-01-19 01:40:32
【问题描述】：

我在使用 ComplexHeatmap 包创建多个热图时遇到了困难。当我运行包含完全从文档中提取的代码的脚本时 (https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ComplexHeatmap/inst/doc/s3.a_list_of_heatmaps.html)...

library(ComplexHeatmap)

mat1 = matrix(rnorm(80, 2), 8, 10)
mat1 = rbind(mat1, matrix(rnorm(40, -2), 4, 10))
rownames(mat1) = paste0("R", 1:12)
colnames(mat1) = paste0("C", 1:10)

mat2 = matrix(rnorm(60, 2), 6, 10)
mat2 = rbind(mat2, matrix(rnorm(60, -2), 6, 10))
rownames(mat2) = paste0("R", 1:12)
colnames(mat2) = paste0("C", 1:10)

ht1 = Heatmap(mat1, name = "ht1")
ht2 = Heatmap(mat2, name = "ht2")
class(ht1)

class(ht2)

ht1 + ht2

...我收到错误消息：

Error in ht1 + ht2 : non-numeric argument to binary operator
Execution halted

我在 Mac OS X 10.12.2 上运行 R 版本 3.3.2 (2016-10-31) - “Sincere Pumpkin Patch”，ComplexHeatmap 版本 1.12.0。感谢您的帮助！

【问题讨论】：

几分钟前我运行source("https://bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite("ComplexHeatmap") 时，安装了1.10.2 版（R 3.3.2，Windows）。而且我无法重现您的问题。可能ComplexHeatmap 1.12.0 版本不稳定。
这也发生在我身上。有没有办法安装以前的版本？我查阅了文档，但没有看到任何明显的方法......
remove.packages("ComplexHeatmap")。并运行source("https://bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite("ComplexHeatmap") 或下载 zip.file 并使用它进行安装。

标签： r heatmap

【解决方案1】：

我想通了。问题是需要附加“方法”包。如果您直接在 R 中运行上面的代码（我没有这样做），它会按原样工作（因为 R 显然默认加载方法包），但是如果您将脚本放在文件中并通过 Rscript 运行它（是我在做什么），你会得到指示的错误。但是，如果你添加

 library(methods)

到脚本的顶部，它通过 Rscript 工作。

【讨论】：