使用 R 的带有 1 和 0 的矩阵的热图答案

【问题标题】：Heatmaps for a matrix with ones and zeros using R使用 R 的带有 1 和 0 的矩阵的热图
【发布时间】：2017-12-27 12:10:40
【问题描述】：

下面是我的示例数据，基本上是一个以行名作为人名的矩阵以及这些行中的每一行的一些列。我在数据中只有零和一。我想使用热图将其可视化。（红色代表 0，绿色代表 1 或任何其他颜色编码）。如何使用 R 完成此任务？您可以向我展示使用任何只有 1 和 0（二进制值）的示例数据集。

【问题讨论】：

ggplot2 heatmap with colors for ranged values 或任何其他标准热图问题的可能重复...tg<-matrix(sample(0:1,100,replace=TRUE),nrow=20) 和 image(tg,col=c("green","red"))

标签： r heatmap

【解决方案1】：

使用 ggplot 的另一种方法

library(ggplot2)
library(reshape2)
library(plyr)
library(scales)

df <- structure(list(people = structure(c(2L, 1L), .Label = c("Dwayne", "LeBron"), class = "factor"),
                 G = c(1L, 0L),
                 MIN = c(1L, 0L),
                 PTS = c(0L, 1L),
                 FGM = c(0L,0L),
                 FGA = c(0L,0L),
                 FGP = c(1L,1L)),
            .Names = c("people", "G", "MIN", "PTS", "FGM", "FGA", "FGP"),
            class = "data.frame",
            row.names = c(NA, -2L))


df.m <- melt(df)
df1.m <- ddply(df.m, .(variable), transform, rescale = value)
p <- ggplot(df1.m, aes(variable, people)) +
geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "black")
p + scale_fill_gradient(low = "green", high = "red")
show(p)

从此tutorial采用

【讨论】：

【解决方案2】：

与highcharter:

library(highcharter)
library(tidyr)
library(dplyr)
df<-data.frame(row=c("Dwayne","James"),G=c(1,0),MIN=c(1,0),PTS=c(0,1),FGM=c(0,0),FGA=c(0,0),FGP=c(1,1))
rownames(df)<-c("Dwayne","James")
df$row<-rownames(df)
data<-df%>%
     tidyr::gather(row,value)%>%
     setNames(c("name","variable","value"))


hchart(data, "heatmap", hcaes(x = variable, y = name, value = value)) %>% 
  hc_colorAxis(stops = color_stops(2, c("red","green")))

更新： 您可以为 height=800 添加hc_size(height = 800) 或制作类似的东西

  x<-50
  hg<-length(unique(data$name))*x+100

  hchart(data, "heatmap", hcaes(x = variable, y = name, value = value)) %>% 
    hc_colorAxis(stops = color_stops(2, c("red","green")))%>% 
    hc_size(height = hg)

数据集中的每一行使图表变大 50 点。您可以在x中更改它

【讨论】：

为什么不直接使用image函数，或者任何其他“单命令热图函数”，例如pheatmap、heatmap.2等？
谢谢，它起作用了，但是我有超过 200 行要显示，并且输出似乎被压缩显示在页面中。我不希望行被挤压，因为它使可视化不清楚。我可以使用滚动条将其拉下，但我希望可视化清晰。我该如何完成它？
@yome 希望hc_size(height = 800) 可以修复它
@jyjek 感谢更新，它很完美，但实际值显示在热图上。我希望它无论如何都显示，但不是“实际”值。我想展示的方式是，无论哪里有绿色热图（非零值），我都不想展示任何数字 5。我应该在哪里调整代码？
@jyjek else 如何更改热图中显示的值的颜色？

【解决方案3】：

此答案使用plotly，因此将其添加为另一个答案。使用与以下相同的数据。

library(plotly)
df1 <- as.matrix(df)
p <- plot_ly(x = colnames(df), y = df[,1], z = as.matrix(df[-1]), colors = colorRamp(c("green", "red")), type = "heatmap")

在获取输出方面，这比 ggplot2 简单得多。

希望这会有所帮助！

【讨论】：