如何从同一个包中的另一个 R 脚本调用 R 脚本？答案

【问题标题】：How to call R script from another R script, both in same package?如何从同一个包中的另一个 R 脚本调用 R 脚本？
【发布时间】：2015-07-09 21:18:21
【问题描述】：

我正在构建一个使用两个主要功能的包。其中一个功能model.R 需要一种特殊类型的模拟sim.R 和一种在表格中设置结果的方法table.R

在可共享的包中，如何从model.R 中调用sim.R 和table.R 文件？我已经尝试过source("sim.R") 和source("R/sim.R")，但该调用在包内不起作用。有什么想法吗？

我应该将sim.R 和table.R 中的代码复制并粘贴到model.R 脚本中吗？

编辑：我在 R 目录下有所有的脚本，DESCRIPTION 和 NAMESPACE 文件都设置好了。我在 R 目录中只有多个脚本。 ~R/ 有 premodel.R model.R sim.R 和 table.R。我需要model.R 脚本来同时使用sim.R 和table.R 函数...位于包的同一目录中（例如~R/）。

【问题讨论】：

如果你在写一个包，你不应该寻找文件，你应该把这些东西放在函数中并调用函数。
可能是source(system.file(package = 'your_package', 'scripts', 'sim.r'))，前提是您有一个/inst/scripts 目录

标签： r function package

【解决方案1】：

详细说明 joran 的观点，当你构建一个包时，你不需要 source 函数。

例如，假设我想创建一个名为 TEST 的包。我将首先生成一个名为 TEST 的目录（即文件夹）。在 TEST 中，我将创建另一个文件夹名称 R，在该文件夹中，我将包含所有包含包中不同函数的 R 脚本。

您至少还需要包含说明和命名空间文件。 man（用于帮助文件）和测试（用于单元测试）也很不错。

制作包非常简单。这是一个简单介绍的博客：http://hilaryparker.com/2014/04/29/writing-an-r-package-from-scratch/

【讨论】：

谢谢Jacob，我把所有的脚本都放在R 目录下，DESCRIPTION 和NAMESPACE 文件都设置好了。我在 R 目录中只有多个脚本。 ~R/ 有 premodel.R model.R sim.R 和 table.R。我需要model.R 脚本来同时使用sim.R 和table.R 函数...位于包的同一目录中（例如~R/）。
是的，正如@joran 所说，在 R 包中，不需要源函数。换句话说，包中的每个函数都可以访问包中的所有其他函数。如果 model.R 中的函数依赖于 sim.R 和 table.R 中的函数，则只需调用这些函数。尝试安装你的包。

【解决方案2】：

正如其他人指出的那样，您不必在包中获取 R 文件。包加载机制将负责丢失命名空间并使所有导出的函数可用。所以通常你不必担心这些。

但也有例外。如果您有多个带有 R 代码的文件，则可能会出现处理这些文件的顺序很重要的情况。通常这并不重要，或者 R 使用的默认顺序恰好很好。如果您发现包中的某些依赖项未正确解析，您可能会遇到需要对 R 文件进行自定义处理顺序的情况。描述文件为此提供了可选的 Collate 字段。只需按照应处理的顺序列出所有 R 文件以满足依赖关系。

【讨论】：

【解决方案3】：

如果您的所有文件都在 R 目录中，那么在您执行 package build 或 Load_All 之后，任何函数都会在内存中。如果您的文件中有不在函数中的代码，您可能会遇到问题。

R 按字母顺序加载文件。

通常，这不是问题，因为函数在被调用执行时被评估，而不是在加载时（id.一个函数可以引用另一个尚未定义的函数，即使在同一个文件中）。

但是，如果您在 model.R 中的函数外部有代码，则此代码将在文件加载时立即执行，并且您的包构建通常会失败并带有

ERROR: lazy loading failed for package 'yourPackageName'

如果是这种情况，请将 model.R 的稀疏代码包装到一个函数中，以便稍后在包完全加载时调用它，也可以调用外部库。

如果这段代码用于初始化某些值，请考虑使用use_data() 让 R 为您将数据加载到环境中。如果这段代码只是交互式代码，用于测试和实现包本身，您应该考虑将其放在其他地方或将其包装到函数中。

如果您确实需要在加载时执行该代码或确实需要解决依赖关系，那么您必须将 collate 行添加到 DESCRIPTION 文件中，如 Peter Humburg 所述，以强制 R 加载文件顺序。 Roxygen2 可以帮助你，放在你的代码之前

#' @include sim.R table.R

致电roxygenize()，系统会为您生成整理行到DESCRIPTION文件中。

但即便如此，你可能依赖的外部库还没有被包加载，导致在构建时再次失败。

总之，如果 .R 文件位于包内，您最好不要将函数之外的代码留在函数之外。

【讨论】：

【解决方案4】：

由于您正在构建一个包，您无法访问 /R 目录中的其他功能的原因是您首先需要：

library(devtools)
document()

在你的包的工作目录中。 现在你的包中的每个函数都应该可以被任何其他函数访问了。然后，完成，做：

build()
install()

虽然应该注意的是，一个简单的document() 调用已经足以解决您的问题。

【讨论】：

【解决方案5】：

通过使用

【讨论】：