R igraph 中的绘图功能

Question

我使用 igraph R 来可视化化合物。在这种方法中，节点对应于原子，边对应于原子之间的键。这种表示的化学分子称为分子图或 H 耗尽图。例如，要表示 2-甲基丁烷，简称 2mb，（碳骨架由五个原子组成的简单有机分子）我使用以下 R 代码：

molecular.graph.2mb = graph.formula(1-2,2-3,3-4,2-5)

为了可视化这个分子图，我使用以下矩阵 m 作为布局：

m = matrix(c(1,0,2,0,3,0,4,0,2,1), nrow=5, byrow=TRUE). 

这个矩阵包含我的图形的顶点坐标。然后我绘制这个图：

plot(molecular.graph.2mb, layout=m). 

我得到了顶点 2 和 5 之间的几何距离大于 v1 和 v2、v2 和 v3 以及 v3 和 v4 之间的几何距离的图形。

我的问题是：如何强制 igraph R 绘制所有几何距离相等的图形？

Answer 1

这样做的主要技巧是设置参数rescale=FALSE 并调整xlim。单独这样做会使节点非常小，因此我还需要调整节点大小。我想这就是你要找的。

library(igraph)

## Your graph
molecular.graph.2mb = graph.formula(1-2,2-3,3-4,2-5)
m = matrix(c(1,0,2,0,3,0,4,0,2,1), nrow=5, byrow=TRUE)

## Modified plot
plot(molecular.graph.2mb, layout=m, rescale=FALSE,
    vertex.size=30, xlim=c(0.5,4.5))