使用 igraph 绘制使用 Networkx 创建的二分图

Question

我无法在 igraph 中读取我的二分矩阵。我使用 Networkx 创建了二分图并将它们导出为一个二元邻接矩阵：

   bipartite.biadjacency_matrix(Graph[i],row_order=bipartite.sets(stockGraph[i])[0], column_order=bipartite.sets(stockGraph[i])[1],format='csr') 

然后我使用 igraph 在 R 中导入 10x10 矩阵：

  data <-readMat("graphToMatlab1.mat")
  data1 <- data$graphToMatlab[[1]][[1]]
  graph <- graph_from_adjacency_matrix(data1, mode="undirected")

这里是稀疏矩阵：

数据1 “dgCMatrix”类的 10 x 10 稀疏矩阵

 [1,] 1 . . . . . . . . .
 [2,] . . . . 1 . . . . .
 [3,] . . 1 . . 1 . . . .
 [4,] . . . . 1 . 1 1 . .
 [5,] . . . . . . . . . 1
 [6,] . . 1 1 . . 1 . 1 .
 [7,] . . 1 1 1 2 . . . .
 [8,] . . 1 . . 1 . . . .
 [9,] . . 1 1 . . . 1 . .
 [10,] . 2 . . . . . . . .

图表

IGRAPH U--- 10 21 -- 
+ edges:
[1] 1-- 1 2-- 5 2--10 2--10 3-- 3 3-- 6 3-- 7 3-- 8 3-- 9 4-- 5 4-- 6  4-- 7 4-- 8 4-- 9 5-- 7 5--10 6-- 7 6-- 7 6-- 8 6-- 9
[21] 8-- 9

所以这是错误的，因为它没有考虑到有两种类型的顶点（缺少属性部分）。所以我认为这是因为我导出图形的方式（使用 bipartite.biadjacency 矩阵），但是有没有办法绕过这个问题？无论是 igraph 读取矩阵的方式还是我在 Networkx 中导出的方式？

Answer 1

您可能只想要二部图的邻接矩阵表示

In [1]: import networkx as nx

In [2]: G = nx.complete_bipartite_graph(5,3)

In [3]: nx.adjacency_matrix(G,nodelist=range(8)).todense()
Out[3]: 
matrix([[0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1],
        [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1],
        [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1],
        [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1],
        [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1],
        [1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0],
        [1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0],
        [1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0]], dtype=int64)

biadjacency 格式只有邻接矩阵的一部分

In [4]: from networkx.algorithms.bipartite import biadjacency_matrix

In [5]: biadjacency_matrix(G,range(5)).todense()
Out[5]: 
matrix([[1, 1, 1],
        [1, 1, 1],
        [1, 1, 1],
        [1, 1, 1],
        [1, 1, 1]], dtype=int64)