R中的有符号距离矩阵答案

【问题标题】：Signed distance matrix in RR中的有符号距离矩阵
【发布时间】：2013-02-19 15:57:58
【问题描述】：

[注意，我写了这个问题，然后找到了答案。我想也许其他人想知道它，所以我发布答案以防万一。我不确定这是否是“完成的事情”]。

假设我想要一个向量的有符号距离矩阵，即距离并不总是正数，但可以是负数。你不能使用

dist()

因为它返回绝对值。

【问题讨论】：

标签： r matrix distance

【解决方案1】：

这是另一种方法，它更快并且需要更少的内存：

y <- sample (1 : 4)
distmat <- outer (y, y, `-`)

产量：

> distmat
     [,1] [,2] [,3] [,4]  
[1,]    0    1    3    2  
[2,]   -1    0    2    1  
[3,]   -3   -2    0   -1  
[4,]   -2   -1    1    0

## not sure why you want the upper triangular NA
distmat[upper.tri(distmat,diag=TRUE)]<-NA

但你可能想要：

> as.dist (distmat)
   1  2  3
2 -1      
3 -3 -2   
4 -2 -1  1

【讨论】：

【解决方案2】：

使用申请：

y<-seq(1:10)
distmat<-as.data.frame(apply(as.matrix(y),1,function(x) y-x))
distmat[upper.tri(distmat,diag=TRUE)]<-NA

【讨论】：

你也可以得到distmat 和replicate(length(y), y) - t(replicate(length(y), y))。
还有，你这里生成的结果可以通过dist(1:10, method="manhattan")得到
只是希望您打算使用 en.wikipedia.org/wiki/Signed_distance 中的符号距离定义，在这种情况下，您的内部/外部是什么并不清楚。让我们明确一点：“距离”严格定义为非负数。您是否在寻找本质上是矢量位置的内容（例如 (-3,-2) 处与原点具有欧几里德距离 sqrt(3^2 + 2^2) 的点）？
@Arun，但 OP 特别要求获得负距离的可能性，method = "manhattan" 不满足（这个例子很糟糕，因为它没有显示这个要求。
@cbeleites，是的，我明白了，但最终结果删除了负值。这就是为什么我提到“你在这里产生的结果”......它可能应该是distmat[lower.tri(distmat, diag=TRUE)] <- NA。