ggplot：来自二维频率直方图的热图

Question

我的输入数据如下所示：

AA  36C     37T   38T   
36C 17935   3349  16843 
37T 3349    4     5690  
38T 16843   5690  11    

我想以我有 n x n 个图块的方式可视化数据，图块 (0,0) 的颜色将基于联系人 36C-36C（在本例中为 17935）的数字，图块 (0 ,1) 基于触点 36C-37T 的编号等。我想geom_tile 应该可以完成这项工作，但我不知道该怎么做。

当我读入我得到的数据时

data = read.table("test.tbl", header = T)

> str(data)
'data.frame':   3 obs. of  4 variables:
$ AA  : Factor w/ 3 levels "36C","37T","38T": 1 2 3
$ X36C: int  17935 3349 16843
$ X37T: int  3349 4 5690
$ X38T: int  16843 5690 11

之后我不知道如何继续并告诉 ggplot 绘制矩阵。感谢您的帮助。

Answer 1

抱歉，在提问之前应该做更多研究。

它通过融化数据框来工作。

> library(reshape2)
> melt(data)
Using AA as id variables
AA variable value
1 36C     X36C 17935
2 37T     X36C  3349
3 38T     X36C 16843
4 36C     X37T  3349
5 37T     X37T     4
6 38T     X37T  5690
7 36C     X38T 16843
8 37T     X38T  5690
9 38T     X38T    11

ggplot(data_new, aes(x = variable, y = AA)) + geom_tile(aes(fill = value)) 然后提供所需的结果。