【发布时间】：2021-06-11 15:57:45
【问题描述】：
我正在尝试使用来自此 GWAS 的汇总统计信息执行 MR。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7026164/#MOESM1
不幸的是，补充中的汇总统计数据只有一个 A1 等位基因，没有给出 A2 参考等位基因或 EAF，因此我无法将数据与我的结果数据相协调。
我在 R 中使用带有代码的 MR 包
x <- harmonise_data(
exposure_dat =exposure_dat,
outcome_dat = outcome_dat_all, action = 1)
我收到错误“A2[to_swap]
我相信这是因为它需要暴露数据集中的 A2 等位基因。无论如何我可以在没有它的情况下执行 MR 吗？或者，任何人都可以建议我如何快速找到所有参考等位基因。大约有 400 个 SNP，因此单独搜索它们并不理想。
谢谢，我将不胜感激。
【问题讨论】：
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欢迎。提醒一下，SO 并不特定于生物信息学，所以当你说“GWAS”或“MR”时，很多人不会知道你的意思——所以最好把它拼出来，或者把它移到生物信息学子堆栈中。