用于创建热图所需的相关矩阵的函数出错？答案

【问题标题】：Error with function used to create correlation matrix needed for heatmap?用于创建热图所需的相关矩阵的函数出错？
【发布时间】：2018-06-20 14:26:37
【问题描述】：

我正在尝试创建一个函数，该函数使用称为“主”的数据框中的各个数据列之间的相关性填充空数据框“虚拟”。

这是我的功能：

master <- read.table("~/Desktop/Heatmap_Project/master.txt", header = T, sep = "\t", stringsAsFactors = F)

vector_a <- names(master)[2:4] 
vector_b <- names(master)[11:18]
# Such that, you compare every column in vector_a with every column in vector_b 


heatmap_prep <- function(dataframe, vector_a,vector_b){
    dummy <- as.data.frame(matrix(0, ncol=length(vector_a), nrow=length(vector_b)))
    for (i in 1:length(vector_a)){
                first_value <- dataframe[[ vector_a[i]  ]]
                # print(first_value)
            for(j in 1:length(vector_b)){
                    second_value <- dataframe[[ vector_b[j] ]]
                    # print(second_value)
                    result <- cor(first_value, second_value)
                    dummy [i,j] <- result
            }
        }
        return(as.matrix(dummy))
    }

heatmap_data_matrix1 <- heatmap_prep(master,vector_a, vector_b)

它在“返回”之前一直有效，但是当我运行函数“heatmap_prep”时，它会返回一堆 NA。我希望它用所有相关性填充整个矩阵。

我哪里做错了？

非常感谢。

【问题讨论】：

请不要在您的示例中使用read.table。对其他人来说毫无用处。而是提供一些可重现的实际虚拟数据

标签： r function for-loop matrix heatmap

【解决方案1】：

dummy 的形状错误 - 列和行因您在 dummy [i,j] <- result 中的分配方式而颠倒了

如果您更改为，这应该可以工作

  dummy <- as.data.frame(matrix(0, nrow=length(vector_a), ncol=length(vector_b)))

【讨论】：