将社区检测与连接组件分组 igraph R 相结合

Question

我使用 igraph cluster_spinglass 来检测定向网络中的隔间（社区），但这只适用于连接的组件

g <-   graph_from_literal( 1 -+ 4 -+ 7,2 -+ 5 -+ 9, 4+-5,
                       3 -+ 6,5 -+8, 8-+ 9, simplify = FALSE)
m<-cluster_spinglass(g)

报错，解决办法是提取连通分量

dg <- components(g)
g1 <- induced_subgraph(g, which(dg$membership == which.max(dg$csize))) 
m<-cluster_spinglass(g1)

我通过

获得节点（顶点）的成员资格

m$membership

但是这里我没有原始网络g的所有节点，我想添加另一个包含这些节点的组，所以我将所有原始节点分类在不同的组中。

Answer 1

您可以将其转移到您的原始图表 g 中。 在您的示例中，我认为您只需要 另一个连通组件成为另一个社区，将第二个组件中的所有节点分配到组 3 就足够了。

V(g)$membership = 3
V(g)[V(g1)$name]$membership = m$membership
V(g)$membership
[1] 1 1 1 2 2 2 3 3 2

但在更一般的示例中，可能有多个组件，这些组件可能会分解为多个社区。 为了涵盖这一点，您可以遍历所有组件，计算社区，然后将它们转移回原始图表。

V(g)$membership = 0
for(comp in unique(dg$membership)) {
    g1 <- induced_subgraph(g, which(dg$membership == comp))
    m<-cluster_spinglass(g1)
    V(g)[V(g1)$name]$membership = m$membership + max(V(g)$membership)
}
V(g)$membership
[1] 1 1 1 2 2 2 3 3 2