从邻接矩阵绘制图答案

【问题标题】：Plotting graph from adjacency matrix从邻接矩阵绘制图
【发布时间】：2014-02-11 13:47:01
【问题描述】：

我有一个邻接矩阵格式的图：

https://dl.dropboxusercontent.com/u/22681355/network.csv

第一列的节点与第二列的对应节点相连。

是否可以将此图表转换为可以可视化的格式？

【问题讨论】：

我从您的链接中收到 404 错误
你看过这里吗？ mlpost.lri.fr/examples/tree.ml.html
检查不同布局的编辑
这不是邻接矩阵。另外请尽量在帖子中包含数据，因为链接将在一年后失效。
是的，链接已经失效了。真是个惊喜。 :)

标签： r graph igraph

【解决方案1】：

试试这个：

 #use igraph for example
 library(igraph)

 #get your data into x
 x <- read.table("~/Downloads/network.csv", sep=";", quote="\"")
 x <- as.matrix(x)
 a <- numeric(0)
 for(i in 1:nrow(x)){
   a <- c(a, x[i,])
 }

 #plot it
 b <- graph(a)
 plot.igraph(b, edge.arrow.size=0.05, vertex.size = 5, vertex.label.cex = 0.5)
 #or tree
 plot.igraph(b, layout=layout.reingold.tilford, edge.arrow.size=0.05, vertex.size = 5, vertex.label.cex = 0.5)
 #or circle
 plot.igraph(b, layout=layout.circle, edge.arrow.size=0.05, vertex.size = 5, vertex.label.cex = 0.5)

【讨论】：

a <- c(a, x[i,]) 是 R 中的一种反模式。它使运行时间成为二次方。您可以只说 b <- graph(t(a)) 而没有 for 循环。
该答案的数据不再可用

【解决方案2】：

这不是一个邻接矩阵，而是一个边列表。这是导入和绘制它的简单方法：

csv <- read.csv("http://dl.dropboxusercontent.com/u/22681355/network.csv", sep=";")
g <- graph.data.frame(csv)             
plot(g)

如果您想真正看到绘图上的内容，则需要编辑绘图参数，阅读?igraph.plotting。

【讨论】：