根据存在数据添加缺勤行

Question

我在 R 中有不同日子在 4 个不同地点的个人的存在数据。我想为每天在每个站点上看不到的每个 ID 创建行，并带有一个额外的存在/不存在列。

这是我的存在数据的一个子集：

ID    SP SITE  DATE SMP
975    1    1 41579 FJB
997    1    1 41579 FAW
114    1    1 41579 FJW
926    2    1 41609 FJB
101    2    1 41609 FJB
108    2    1 41609 FAB
129    3    2 41710 FUB
131    3    2 41710 MAW
132    3    2 41710 FAW

这是我想要创建的：

ID    SP SITE  DATE SMP Present?
975    1    1 41579 FJB   Yes
997    1    1 41579 FAW   Yes
114    1    1 41579 FJW   Yes
926    1    1 41579 FJB   No
101    1    1 41579 FJB   No
108    1    1 41579 FAB   No
129    1    1 41579 FUB   No
131    1    1 41579 MAW   No
132    1    1 41579 FAW   No
975    2    1 41609 FJB   No
997    2    1 41609 FAW   No
114    2    1 41609 FJW   No
926    2    1 41609 FJB   Yes
101    2    1 41609 FJB   Yes
108    2    1 41609 FAB   Yes
129    2    1 41609 FUB   No
131    2    1 41609 MAW   No
132    2    1 41609 FAW   No
975    3    2 41710 FJB   No
997    3    2 41710 FAW   No
114    3    2 41710 FJW   No
926    3    2 41710 FJB   No
101    3    2 41710 FJB   No
108    3    2 41710 FAB   No
129    3    2 41710 FUB   Yes
131    3    2 41710 MAW   Yes
132    3    2 41710 FAW   Yes

希望有人能帮忙！

Answer 1

首先，您需要准备一个包含 ID、SP、SITE、DATE 和 SMP 的所有可能组合的数据集，我称之为attendance_list。

library(tidyverse)
txt <- "ID    SP SITE  DATE SMP
975    1    1 41579 FJB
997    1    1 41579 FAW
114    1    1 41579 FJW
926    2    1 41609 FJB
101    2    1 41609 FJB
108    2    1 41609 FAB
129    3    2 41710 FUB
131    3    2 41710 MAW
132    3    2 41710 FAW"
presence_data <- txt %>% 
  gsub(" +", " ", x=.) %>% 
  read.delim(text=., sep=" ")

# Attendance list
## It looks like each ID has only one SMP
id_smp <- presence_data %>% 
  select(ID, SMP) %>% 
  distinct()
## Working site and date
sp_site_date <- presence_data %>% 
  select(SP, SITE, DATE) %>% 
  distinct()
attendance_list <- merge(id_smp, sp_site_date)

然后，您可以将带有“是”列的presence_data 左连接到attendance_list，并将“NA”（attendance_list 中的数据但presence data 中没有）替换为“否”。

attendance_list <- attendance_list %>% 
  left_join(presence_data %>% mutate(PRESENT="Yes"), by=c("ID", "SMP", "SP", "SITE", "DATE")) %>% 
  mutate(PRESENT = ifelse(is.na(PRESENT), "No", PRESENT))

---

输出：

> attendance_list
#     ID SMP SP SITE  DATE PRESENT
# 1  975 FJB  1    1 41579     Yes
# 2  997 FAW  1    1 41579     Yes
# 3  114 FJW  1    1 41579     Yes
# 4  926 FJB  1    1 41579      No
# 5  101 FJB  1    1 41579      No
# 6  108 FAB  1    1 41579      No
# 7  129 FUB  1    1 41579      No
# 8  131 MAW  1    1 41579      No
# 9  132 FAW  1    1 41579      No
# 10 975 FJB  2    1 41609      No
# 11 997 FAW  2    1 41609      No
# 12 114 FJW  2    1 41609      No
# 13 926 FJB  2    1 41609     Yes
# 14 101 FJB  2    1 41609     Yes
# 15 108 FAB  2    1 41609     Yes
# 16 129 FUB  2    1 41609      No
# 17 131 MAW  2    1 41609      No
# 18 132 FAW  2    1 41609      No
# 19 975 FJB  3    2 41710      No
# 20 997 FAW  3    2 41710      No
# 21 114 FJW  3    2 41710      No
# 22 926 FJB  3    2 41710      No
# 23 101 FJB  3    2 41710      No
# 24 108 FAB  3    2 41710      No
# 25 129 FUB  3    2 41710     Yes
# 26 131 MAW  3    2 41710     Yes
# 27 132 FAW  3    2 41710     Yes